يحاول بعض التغريبيين دائما المقارنة بين أفكار وزير الشؤون الدينية محمد عيسى الهادفة إلى تجديد وتطوير قطاع الشؤون الدينية وتجذير المرجعية الدينية للجزائر، وبين أفكار الكاتب والمفكر التغريبي محمد آركون المحسوب على المسلمين، والذي وصل به الحد في محاولاته لنقد الفكر العربي والإسلامي حسب زعمه إلى التشكيك في القرآن الكريم وجعله قابلا للنقاش والنقد ورفع القدسية عن كتاب الله واعتباره نصا أسطوريا!.. ناهيك عن اعتباره السنة النبوية عملا بشريا وجد من أجل ضرورات زمنية وتاريخية معينة وبالتالي يجب إعادة النظر في كل هذه الأصول العقائدية والمصادر الشرعية ورفع القدسية من أجل تحرير الفكر العربي والمسلم وإخراجه من بوتقة التخلف من خلال إعادة النظر في المراجع العقدية للمسلمين وعلمنتها كما ظل ينادي بذلك.. وقد ناقشه كثير من علماء الإسلام الكبار أمثال محمد الغزالي والشيخ البوطي رحمهم الله وغيرهم وأثبتوا ضلال فكره ومنهجه بل شككوا في عقيدته.. ولا ندري ما هو وجه الشبه بين محمد آركون ومحمد عيسى، إلا أن يكون هذا الأخير يسعى إلى إعادة النظر في تدين الجزائريين ومرجعيتهم الدينية القائمة على الإيمان بالقرآن والسنة، ولا نحسب أن هذا ما يرمي إليه عيسى..! أم أن المقصود هو الوصول إلى علمنة المجتمع ورفع القدسية عن مصادر الدين والمسلمات الفكرية التي يعتنقها الجزائريون من خلال نظرية تطويع الدين لجعله يتماشى مع أهواء وأطروحات العلمنة والعولمة التي ينادي بها التغريبيون، ليصبح ما لله لله.. وما لقيصر لقيصر.. كما هو الحال لدى الكنيسة المسيحية..