Les zones de libre-échange ne semblent pas avoir d'effets bénéfiques pour l'économie nationale. Loin de constituer une opportunité pour les quelques producteurs nationaux d'accéder à de nouveaux marchés, le démantèlement tarifaire qui va de pair avec l'accession à des zones de libre-échange induit un manque à gagner en ce qui concerne les recettes douanières à recouvrer. Un manque à gagner de plus en plus important à mesure que la facture à l'importation enfle au fil des ans. Celui-ci atteindrait 9 milliards de dollars en 2013 et serait attribuable, selon une source douanière reprise par l'APS, à l'accord d'association avec l'Union européenne et à la Grande zone arabe de libre-échange (GZALE). Selon la même source, la moins-value pour les recettes douanières depuis la mise en œuvre de l'accord d'association avec l'UE, il y a neuf années, serait de 8 milliards de dollars. Le manque à gagner fiscal s'est creusé, passant de 7,7 milliards de dinars en 2005 à 31 milliards de dinars en 2006 puis à 38,8 milliards de dinars en 2007. A partir de 2008, la moins-value fiscale a nettement doublé à 75 milliards de dinars avant de passer à 85,3 en 2009 pour redescendre à 76,6 milliards de dinars en 2010, année durant laquelle l'Algérie a entamé, par une décision unilatérale, l'application du gel du démantèlement tarifaire prévu par cet accord afin de préserver certaines de ses filières productives. Mais en dépit de ce gel, le manque à gagner a progressé par la suite pour atteindre un montant de 104 milliards de dinars en 2011, de 110,1 en 2012 et de 130,1 milliards de dinars en 2013. Quant au manque à gagner enregistré suite à l'accord de la GZALE, entré en vigueur en 2009, il s'est élevé à 65,5 milliards de dinars entre 2009 et fin 2013. Selon l'APS, l'accord d'association Algérie-UE a largement profité à la partie européenne qui n'a pas, en contrepartie, satisfait la demande de l'Algérie pour son accompagnement dans la mise à niveau de son économie, pourtant prévu dans l'accord.