Le «réseau Jeanson», du nom de son animateur, organisait l'hébergement en France de responsables FLN et l'acheminement de sommes d'argent au profit du FLN. Le 5 septembre 1960 démarre le procès de ces «porteurs de valises» devant le Tribunal permanent des forces armées de Paris. Comme l'écrit Marcel Péju, «le gouvernement croit sans doute vouer les accusés à l'opprobre» et «pourfendre spectaculairement la trahison». Mais au bout de quelques jours, la situation se trouve renversée et le procès se transforme en arène politique : «C'est le gouvernement, l'armée, leur politique, c'est la guerre d'Algérie toute entière dont le procès commence. Accusés, témoins, avocats, débordant un tribunal stupéfait, transforment le prétoire en tribune de l'opposition.» Le procès des membres du réseau Jeanson reste un moment fort de la guerre d'Algérie – qui coïncide avec la publication du «Manifeste des 121» sur le droit à l'insoumission. Marcel Péju a été de ceux qui ont combattu la guerre coloniale en Algérie. Il est aussi de ceux qui ont très tôt tenté de briser le silence sur la répression du 17 octobre 1961. En ce sens, il relève le rôle qu'ont joué dans la répression d'octobre 1961 les auxiliaires algériens de la police parisienne aux ordres de Maurice Papon, rôle qui, selon lui, ne doit pas être oublié quand on traite de la question des harkis. «La revue Les Temps modernes s'était fortement engagée contre la guerre, et, le soir du 17 octobre 1961, en compagnie de Claude Lanzmann, nous sortions de chez Jacques Vergès, à cette époque l'un des avocats du FLN, avec qui nous avions discuté de ce que nous pouvions faire pour appuyer la protestation des Algériens contre le couvre-feu raciste instauré le 5 octobre par Maurice Papon. En arrivant près de la place de l'Etoile, tandis que des CRS refoulaient brutalement un groupe d'Algériens, nous nous sommes trouvés face à un policier qui, tout seul au milieu du trottoir, brandissait un revolver au-dessus de sa tête, éructant des injures et criant qu'il fallait fusiller Ben Bella, dont les manifestants demandaient la libération, et qui nous intima l'ordre de circuler. Impossible de gagner les grands boulevards, où se déroulait l'une des plus importantes manifestations, férocement réprimée. Le lendemain matin, au journal Libération (première manière), où travaillait ma femme, Paulette Péju, je fis la connaissance du photographe Elie Kagan, tout ému encore, et qui lui montrait les atroces photos qu'il avait prises.» C'est ce que racontait Marcel Péju à l'historien Gilles Manceron, en septembre 2001. C'est alors qu'est publié en urgence un récit, Ratonnades à Paris, illustré par les clichés d'Elie Kagan. «Paulette (l'épouse de Marcel Péju, décédée) rassembla le maximum de témoignages, collectés notamment par la Fédération de France du FLN, et les accompagna des principaux comptes rendus de presse, souvent scandaleusement tendancieux. L'éditeur François Maspero fit des prouesses pour imprimer le livre en moins d'un mois. Mais celui-ci fut saisi aussitôt par la police qui en empêcha la mise en vente. Dès le crime, commençait sa dissimulation», ajoutait Marcel Péju. Un autre livre de Paulette Péju suivra : Les Harkis à Paris. Les éditions La Découverte rééditent ces ouvrages-témoignages sur les atrocités commises sur les Algériens de France, au nom de la «sûreté d'Etat» en 2000 avec une préface de Pierre Vidal-Naquet, une introduction de Marcel Péju, un article de François Maspero et un texte de l'association 17 Octobre 1961 : contre l'oubli (signé par Sidi Mohammed Barkat, O. Revault d'Allonnes et O. Le Cour Grandmaison).Marcel Péju a collaboré avec l'hebdomadaire Jeune Afrique l'Intelligent.
