اقترحت وزارة الدفاع الوطني، إعفاء المدنيين من الوقوف أمام القضاء العسكري في القضايا التي تمس أمن الدولة، وحصرت المتابعة التي قد تطال أشخاصا مدنيين في القضاء المدني، ما يعني أن القضاء العسكري سوف لن يتابع في المستقبل إلا ذوي البدلة الخضراء، وهو القرار الذي تضمنه نص مشروع قانون القضاء العسكري. أعفى نص المشروع الذي تحوز "الشروق" نسخة منه، الأشخاص المدنيين من الوقوف أمام الجهات القضائية العسكرية، في حال ارتكابهم جرائم تمس أمن الدولة، لتصبح من الآن فصاعدا من اختصاص الجهات القضائية للقانون العام. ويقترح نص المشروع، إدراج القاعدة الدستورية للتقاضي على درجتين، وهذا من خلال إحداث مجلس استئناف عسكري لدى ناحية عسكرية تختص بالنظر في استئناف الأحكام النهائية، تكون عن طريق تأسيس غرفة اتهام لدى مجلس الاستئناف العسكري تمنع القاضي من الفصل في نفس القضية مرتين. ويقترح المشروع الذي يتواجد على طاولة البرلمان لمناقشته، تعديل تشكيلة المحكمة العسكرية التي تفصل في المادة الجنائية، حيث وسعت تشكيلتها إلى القضاة العسكريين بالإضافة إلى قاض مدني ومساعدين عسكريين، وحددت اختصاص الجهات القضائية العسكرية في مجال الجرائم ذات الطابع العسكري، وجرائم القانون العام المرتبكة من قبل المستخدمين العسكريين، والمدنيين التابعين لوزارة الدفاع إلى جانب الجرائم المرتكبة من قبل شخص أجنبي. وفيما يتعلق بالإجراءات الجزائية العسكرية، فقد تم الإبقاء على المراقبة التي تمارسها المحكمة العليا، ونفس الشيء بالنسبة لصلاحيات وزير الدفاع الوطني في مجال تحريك الدعوى العمومية، أمام الجهات القضائية العسكرية، والتأكيد عليها، مع مراجعة القواعد الخاصة في مجال الإجراءات الجزائية العسكرية المنصوص عليها في قانون القضاء العسكري، وهي أيضا موضوع تعديل من أجل مطابقتها مع أحكام قانون الإجراءات الجزائية حسب ما جاء في نص المشروع. وحسب نص المشروع، فإن صفة الشرطة القضائية العسكرية تم توسعيها إلى العسكريين الذين يمارسون وظائف ضباط الشرطة القضائية طبقا إلى أحكام المادة 15 من قانون الإجراءات الجزائية، وفي نفس الوقت، تم تحديد المستخدمين العسكريين الذين لديهم صفة أعوان الشرطة القضائية العسكرية استنادا إلى المادة 19 من قانون الإجراءات الجزائية. وبخصوص الجرائم ذات الطابع العسكري والعقوبات المطبقة عليها، ينص المشروع على ضرورة تعديل الأحكام المنصوص عليها في الأمر رقم 06-02 المؤرخ في 2006، والمتضمن القانون الأساسي العام للمستخدمين العسكريين، وأيضا سحب العقوبات التبعية من قانون القضاء العسكري تماشيا مع أحكام المادة 78 من القانون الأساسي العام للمستخدمين العسكريين الذي ينص على أن العقوبات المذكورة في القانون الأساسي والعقوبات المهنية والتأديبية قابلة للجمع ومستقلة عن العقوبات الجزائية. وحسب نص المشروع، فإن الهدف من هذا التعديل هو كون التعديلات التي عرفها قانون الإجراءات الجزائية، والتي منحت للمتقاضين الضمانات الضرورية لمحاكمة عادلة كما ينص عليه الدستور، لم يكن لها أثر على الإجراءات الجزائية المنصوص عليها في قانون القضاء العسكري لهذا أصبح من الضروري إصلاح القانون، ونفس الشيء بالنسبة لقضية التقاضي على درجتين، حيث يرمي هذا المشروع إلى تجسيد هذا المبدإ باعتماد الجهات القضائية للاستئناف من خلال إنشاء مجالس عسكرية مكلفة بهذه المهمة.
