تحدثت مصادر إعلامية عربية على أن تأكيد زعيم الثورة الليبية العقيد معمر القذافي على أن مبدأ تقرير المصير هو الحل الوحيد للقضية الصحراوية قد شكل صدمة للمساعي المغربية، وقالت هذه المصادر نقلا عن مصادر دبلوماسية إن خرجة القذافي قد ساهمت في إنهاء بعض البرودة التي شابت العلاقات الجزائرية الليبية بسبب قضية الطوراق في جنوب الصحراء ومساعي مغربية كبيرة للتأثير على موقف ليبيا وتغليطها لمساندة أطروحة الحكم الذاتي. ونسب هذه المصدر الإعلامي إلى مصادر دبلوماسية جزائرية في العاصمة البريطانية لندن قولها بأن علاقة الجزائربطرابلس قد شابتها بعض البرودة ولأسباب مختلفة، منها ظهور بوادر نوع من الميل من الجانب الليبي إلى الأطروحة المغربية بخصوص الحل الذي تقترحه للمشكلة الصحراوية وهذا منذ الاحتفالات الخاصة بعيد الثورة، وكان الوفد المغربي قد احتج وقتها وانسحب بسبب وجود زعيم جبهة البوليساريو محمد ولد عبد العزيز، وهو أمر كاد أن يثير أزمة دبلوماسية بين طرابلس والرباط واضطرار ليبيا للتوضيح لها بعدم وجود نية مسبقة في دعوة البوليساريو لاحتفالات الثورة. وإضافة إلى موضوع القضية الصحراوية فإن دخول طرابلس على الخط في ملف الطوارق في منطقة الصحراء قد زاد في فتور العلاقة، لكن رجوع ليبيا إلى التأكيد على حتمية تقرير المصير على لسان العقيد القذافي ووفق المواثيق الدولية للأمم المتحدة قد أنهى بشكل رسمي هذا الفتور. وأرجعت تلك المصادر دائما أسباب إضافية لهذا الفتور في العلاقات الجزائرية الليبية، وأعادتها إلى تباين وجهات نظر البلدين حول ملفات أساسية، ومنها ملف الطوارق، حيث تسعى ليبيا لتأمين حصولهم على دولة مستقلة، ودخلت على الخط مباشرة بجانب الوساطة التي كانت تقوم بها الجزائر بين متمردي طوارق مالي والحكومة المركزية في باماكو، وهو أمر انزعجت منه الدبلوماسية الجزائرية بحجة أنه يعطل مساعي الوساطة التي قامت بها، حيث كانت تعلب دور الوسيط وبنجاح في ضمان استقرار الأوضاع في المنطقة. وإضافة إلى ما سبق فإن قضية المعتقلين الجزائريين في السجون الليبية قضية شائكة أخرى، حيث تتزايد الأنباء عن وجود حالات تعذيب خطيرة يتعرض لها المعتقلون الجزائريون في السجون الليبية، مع عدم نجاح مساعي العفو عن هؤلاء المساجين من قبل السلطات الليبية. وكان القذافي قد قال لدى استقباله وفدا عن أحزاب التحالف الرئاسي بالعاصمة طرابلس، ''مازلت أقول إن الاستفتاء هو الحل ونحن كعرب ومسلمين وإخوة حرام أن نحارب بعضنا البعض.. يجب ألا نعود إلى السلاح مرة ثانية''، متابعا بأن ''أنا مازلت مصرا على الاستفتاء، وبدونه ليس هناك حل''، مضيفا أنه ''يجب إجبار كل الأطراف التي ترفض الاستفتاء على اللجوء إليه'' في إشارة إلى المملكة المغربية التي لازلت تتعنت في الانصياع إلى الشرعية الدولية ومواثيق الأممالمتحدة وتتجاهل حق الشعب الصحراوي في تقرير مصيره. وبالمقابل هناك العديد من الملفات التي تشكل مصدر توافق كبير بين الجزائر وليبيا، خصوصا في الشأن العربي مع استلام العقيد معمر القذافي رئاسة الجامعة العربية، ومشروع إصلاحها وتحويلها إلى اتحاد عربي على شاكلة الاتحاد الإفريقي الذي كان لليبيا دور محوري فيه، حيث تدعم الدولتان مشروع إصلاح الجامعة بشكل كبير.
