لم يعد خلاف تنظيم القاعدة الذي يتزعمه أيمن الظواهري وتنظيم دولة الإسلام في العراق والشام داعش بقيادة أبوبكر البغدادي خافياً على المراقبين خصوصاً بعد الهجوم الشرس الذي شنه داعش ضد تنظيم القاعدة واتهامه للأخير بأنه انحرف وتبدل وتغير، بالإضافة إلى تصريحات الظواهري التي اتهم فيها داعش بخدمة النظام السوري والعمل وفق مصلحته. ويصف بعض المراقبين هذه الحرب بأنها لا تخلو من أمرين، فهي إما حرب بين الأحبة، لأنها بين فصيلين كانا حتى الأمس القريب متآخيين وينتهجان نفس الفكر الجهادي المتشدد، أو أنها صراع الولاءات بين زعيم تنظيم القاعدة أيمن الظواهري، وأبوبكر البغدادي. البداية كانت عندما هاجم المتحدث الرسمي باسم تنظيم الدولة الإسلامية في العراق والشام داعش بشدة قيادة تنظيم القاعدة وقال إنها انحرفت وتبدّلت وتغيّرت،مضيفا أن "القاعدة اليوم لم تعد قاعدة الجهاد، بل باتت قيادتها معولاً لهدم مشروع الدولة الإسلامية والخلافة القادمة بإذن الله". ويعمل فصيل آخر من الفصائل المقاتلة تحت مسمى جبهة النصرة لأهل الشام، ويدين بالولاء لزعيم القاعدة أيمن الظواهري، بخلاف تنظيم داعش لذي يدين بالولاء لأبوبكر البغدادي المتواجد في العراق. ولم يكد يمضي يوم واحد على هجوم داعش الموجه ضد جبهة النصرة وزعيم القاعدة أيمن الظواهري، حتى نشر على الإنترنت حديث للظواهري يهاجم فيه داعش ويتهمه بأنه يخدم نظام الأسد. واتهم الظواهري في الحديث تنظيم داعش بعدم الالتزام بأصول العمل الجماعي وإعلان الدولة دون استئذان، ولم يستبعد الظواهري وجود اختراق من النظام، في إشارة لداعش كي يتولى المجاهدون إبادة بعضهم"،داعيا لى قتال حزب الله، قائلاً إن الحزب "عدو صائل على أنفس المسلمين وأعراضهم وحرماتهم وحليف لأشد النظم إجراماً"في إشارة إلى نظام الأسد. جدير بالذكر أن عشائر دير الزور قررت اتخاذ خطوات لحظر التعامل مع داعش بعد سيطرته على مدن وبلدات في ريف دير الزور الشمالي. ويبدو أن النظام السوري في ظل كل هذه الخلافات والحروب الجانبية الرابح الأكبر من وراء هذا الخلاف في صفوف المجموعات الجهادية في سوريا، وتحولها إلى تنظيمات متقاتلة. حيث يرى المراقبون أن انشغال الجيش الحر، ومن يقاتل معه، بحرب داعش أعطى النظام السوري الفرصة تلو الأخرى لإعادة تجميع صفوفه وترتيب أوراقه والبدء بشنّ الهجوم، بدلاً من الدفاع الذي لازمه طويلاً، خصوصاً في دمشق والساحل السوري.
