Ses articles sur la géologie et la tectonique des plaques se retrouvaient dans les publications scientifiques internationales les plus rigoureuses et notamment aux Etats-Unis, où il avait travaillé pendant un an. Ses études géologiques et ses recherches dans le Sahara algériens, aux Emirats arabes unis ou en Amérique du Nord ont fait référence et sont par exemple citées dans des revues publiées par la puissante NASA. Malgré sa réussite dans le domaine scientifique, amoureux du cinéma et désirant aider des cinéastes algériens, Djaafar Aïssaoui prend, en 1994, un congé sabbatique de deux ans auprès du CNRS et crée deux sociétés de production de cinéma sous le pseudonyme de Djaafar Djaafari : Une première, société française «Les films sur la Place» basée à Paris et qui lui permettra de produire ou de co-produire plusieurs films (courts et longs métrages) parmi lesquels les longs métrages suivants : Les «soeurs Hamlet»,1996, et «la Nuit du destin», 1998, de Abdelkrim Bahloul, «Machaho», de Belkacem Hadjadj et «Sois mon ami», film du cinéaste tunisien Naceur Ktari. Une deuxième société, algérienne celle-là, du nom de CMS (anagramme de MCS, le Mouloudia Club de Saida, sa ville natale) qui, gérée en Algérie par le cinéaste et producteur Bachir Derraïs, coproduira la plupart des films de production française qui ont été tournés en Algérie entre 1996 et 2004. Citons parmi ces films «Là bas» de Alexandre Arcady, «Incha Allah Dimanche» de Yamina Benguigui, «le Soleil assassiné», de Abdelkrim Bahloul, etc. CMS, société de production et de distribution de films avait été également créée pour permettre de continuer à montrer des films internationaux aux algériens durant les «années sombres». CMS avait ainsi réussi en tant que société de distribution de films à faire voir au public algérien entre 1995 et 1999 des films de long métrage qui passaient encore, au même moment, en Europe… Citons par exemple «Paparazzi», d'Alain Berbérian, «La vie rêvée des Anges», d'Eric Zonca, grand prix à cannes ou le succès mondial «Titanic». Scientifique rigoureux, producteur de talent exigeant et amoureux de la perfection cinématographique, Mohamed Djaafar Aïsaouï a été stoppé par une longue maladie au moment où, étant parvenu à se faire un nom dans le milieu difficile du Cinéma, il pouvait enfin se permettre de réaliser la suite de son rêve cinématographique: financer et connaître de jeunes cinéastes des deux côtés de la Méditerranée. Mohamed Djafar Aïssaouï était marié et père de deux enfants (8 et 6 ans).
