Après coup et avec le temps, l'on remarque l'absence d'une ouverture, sous la digue nord, devant permettre aux eaux de se renouveler. Les professionnels de la pêche s'accordent à dire que la conception du port de Boudis pose problème. En effet, le plus profane des habitués du port soutient qu'il aurait fallu réserver une ouverture sous la digue nord pour permettre aux eaux du plan d'eau intérieur de se renouveler convenablement. Or, nous avons remarqué sur place, le phénomène d'accumulation des ordures flottantes. Des objets en plastique et des films de produits pétrochimiques (huiles et carburants), tapissent la surface de l'eau à certains endroits où ils semblent carrément stagner. Cette situation dérangeante mérite une réelle attention pour trouver une solution aux eaux du port qui s'encrassent, jour après jour. Les pêcheurs soutiennent, avec leur langage propre, qu'il faut que le plan d'eau «respire». Un autre problème soulevé par ces derniers a trait aux ordures repêchées dans les filets et que certains patrons préfèrent remonter sur les quais pour ne pas avoir à les déverser dans la mer. Seulement, ces ordures s'accumulent sans être toutefois enlevées. Cette défaillance, contrairement à la première qui demande une réflexion plus poussée, ne pose normalement aucune complication, puisqu'il suffit juste de transporter les détritus à la décharge publique.
