تقوم نيابة شرق القاهرة بالتحقيق في ملابسات الحادث، بمشاركة 60 عضوا من أعضاء النيابة على اختلاف درجاتهم وتحت إشراف المحامي العام لنيابات شرق العاصمة. وقد وجهت النيابة للمتهمين اتهامات بالقتل، والشروع في القتل، والبلطجة، وحيازة أسلحة نارية وذخائر بدون ترخيص، وحيازة وإحراز أسلحة بيضاء، وقطع الطريق، وتعطيل المواصلات، وإحراز متفجرات، والمساس بالأمن العام تنفيذا لغرض إرهابي.ويرى خبراء القانون أن الاعتداء على المنشآت العسكرية يعرض المعتدي للمحاكمة أمام القضاء العسكري، وأن السماح للنيابة العامة بممارسة التحقيق مع المتهمين، إشارة الى تجنب المؤسسة العسكرية تطبيق العقوبات الصارمة في القانون العسكري، فيما يتعلق بأمن وسلامة المنشآت العسكرية. .