Sur fond de crise de transparence dans la gestion des deniers publics, certaines questions engageant l'argent de l'Etat surgissent, à l'instar des sommes d'argent faramineuses affectées au titre de fonds spéciaux. Ceci nous renvoie à d'autres questions qui ne sont pas moins importantes, à l'exemple des placements à l'étranger. Les fonds spéciaux, dont l'affectation ne fait jamais l'objet de débat au sein des deux chambres du Parlement, posent avec acuité le problème de la transparence budgétaire en Algérie. Ils sont nombreux et perçus comme des gouffres financiers où s'abreuvent plusieurs institutions et organismes mathématiquement incontrôlables. Les fonds spéciaux, alimentés par les recettes du Trésor, sont destinés à des actions qui, par nature, ne peuvent être précisées. Les lois de finances du pays ont institué plusieurs fonds spéciaux, dont les plafonds des capitaux mis à la disposition des organismes et secteurs « clients » ne sont jamais connus, ce qui alimentait sans relâche la polémique autour de l'usage de l'argent et son affectation. Plusieurs fonds spéciaux, alimentés essentiellement par l'argent du Trésor public, ont été hébergés par les institutions financières de l'Etat au fil des années sans qu'aucun bilan n'ait été établi. Fonds d'appui à l'investissement, à la promotion et la qualité des activités touristiques, fonds spécial pour la promotion des exportations, fonds de compensation des frais de transport (au Sud), fonds de promotion de la compétitivité industrielle, fond spécial pour le développement des régions Sud... Selon certains chiffres, l'Algérie totaliserait une soixantaine de fonds spéciaux, dont certains sont inconnus. Cette technique des crédits ouverts pose, qu'on le veille ou non, le problème de la transparence budgétaire en Algérie, une opacité consolidée par l'absence de loi de règlement budgétaire censée détailler les dépenses du pays et l'affectation de l'argent du Trésor public. Le système financier et budgétaire algérien, non encore simplifié pour des raisons inconnues, s'érige ainsi tel un handicap majeur contre l'amélioration des performances dans l'utilisation des fonds publics et la transparence de leur gestion. L'absence de système intégré d'exécution de la dépense publique a privé la chaîne budgétaire d'un maillon important, à savoir le contrôle financier des dépenses. La chaîne s'appuie seulement sur les deux autres maillons, qui sont les ordonnateurs et les gestionnaires, difficilement contrôlables, surtout lorsqu'on sait que les organismes chargés du contrôle financier, à l'instar de la Cour des comptes et de l'Inspection générale des finances, sont soit paralysés ou bien privés de prérogatives. C'est ainsi que la lutte contre la corruption est devenue inexécutable sur le terrain. La difficulté d'accès à l'information budgétaire n'a fait ainsi qu'accentuer le phénomène de la corruption institutionnalisée. Résultat des courses : sur un total de 85 pays touchés par une récente étude sur la transparence budgétaire, l'Algérie figure dans les tout derniers rangs, plus précisément à la 79e place. L'enquête du Partenariat budgétaire international (IBP) a montré que le gouvernement algérien ne fournit presqu'aucune information sur le budget et les activités financières au public.
