La réhabilitation de l'édifice a été décidée à l'occasion de la visite du Premier ministre et actuel président turc, Recep Tayyip Erdogan. Construite probablement en 1436, la mosquée a subi une restructuration et un agrandissement durant l'époque turque (1794). A la suite de la prise d'Alger, l'édifice de la Basse Casbah sera détruit sur décision du général Duc de Rovigo. «Au cours de cette même année, le reste de la mosquée avait été entièrement rasé pour contenir à l'emplacement la première grande cathédrale catholique d'Alger, sous le vocable de ‘‘Saint Philippe''», précise le chercheur en patrimoine et histoire et auteur, Mohamed Benmeddour. L'édifice, transformé en cathédrale, devient durant la colonisation un bien de l'Eglise d'Alger. Avec l'indépendance du pays, l'Etat naissant a récupéré l'édifice pour en faire un lieu du culte musulman. L'architecte Dalila Senhadji Khiat parle dans son étude intitulée Les mosquées en Algérie ou l'espace reconquis : l'exemple d'Oran, L'Année du Maghreb, des «tractations tendues» avec les autorités chrétiennes de l'époque : «La cathédrale Saint-Philippe d'Alger est l'un des premiers lieux de culte chrétien récupéré à l'indépendance de l'Algérie. Cette ancienne mosquée ottomane, dite mosquée de Hassen Pacha, construite avant 1612 sur les restes d'un temple romain et reconstruite en 1795, a fait l'objet de tractations tendues entre les représentants du ministère des Habous et les représentants de l'Eglise. Cette cathédrale avait été, dès 1832, le premier lieu de culte chrétien issu de la conversion d'une mosquée ottomane. Par conséquent, la réappropriation par les autorités algériennes de ce lieu de culte pour célébrer la date du 1er novembre 1962 renvoie à des enjeux hautement symboliques. La grande cathédrale d'Alger redevient officiellement la mosquée Ketchaoua. Une déclaration publique émanant du ministère des Habous et de l'archevêque d'Alger annonce le transfert comme un don d'amitié librement consenti par l'Eglise au nom des chrétiens d'Algérie. La première prière solennelle du vendredi y est célébrée le 2 novembre 1962 et se déroule au-dessus d'une crypte abritant encore les tombeaux des évêques.» Continuant d'accueillir les fidèles, la mosquée a été touchée de plein fouet par le séisme de 2003. Décision a alors été prise de la fermer en 2008. De menus travaux ont été lancés cette année-là par l'Office de gestion et d'exploitation des biens culturels protégés (OGBC) : confortement des deux minarets. Les opérations de réhabilitation ont été décidées sur demande des Algériens, dans la foulée de la deuxième visite d'Erdogan, en 2014. Le résultat n'agrée pas tous les spécialistes. Si certains félicitent l'entreprise turque qui rend son lustre d'antan à l'édifice, d'autres, plus sceptiques, s'interrogent sur les transformations apportées : l'«effacement» des signes chrétiens, visibles à l'intérieur de l'ancienne cathédrale. L'architecte Benmeddour est plus dur : «Les travaux ne sont pas conformes à l'origine de la cathédrale française. L'intérieur reflète la basilique turque de Sainte-Sofie. Pire encore, les donjons posent un problème d'inclinaison. Les clôtures du périmètre ont été supprimées. Au lieu d'un sablage de l'extérieur, c'est carrément du chaulage. C'est une restauration identique à La Casbah, car dans quelque temps les défauts réapparaîtront et tout s'écroulera !»
