Les principales recommandations des Assises nationales étaient axées sur le système de santé, la gouvernance et le financement, la prévention, la protection et la promotion de la santé, la politique du produit pharmaceutique, la politique de santé en matière d'industrie pharmaceutique et le système d'information de la santé. La suppression du service civil et de l'activité complémentaire, le rattachement de la Sécurité sociale au ministère de la Santé, l'instauration effective de la contractualisation, la création d'un conseil national consultatif de la santé, la mise en place de l'agence nationale du médicament, la réhabilitation du médecin généraliste et faire du ministère de la Santé un ministère de souveraineté sont, entre autres, les recommandations phares de ces Assises nationales. A l'issue de ces travaux, deux commissions pour le suivi des recommandations et la préparation de l'avant-projet de la nouvelle loi sanitaire ont été installées. Les travaux des ateliers ont passé en revue tous les aspects liés au système de santé dans toute sa complexité. Les principales recommandations sont axées sur le système de santé, la gouvernance et financement, la prévention, la protection et la promotion de la santé, la politique du produit pharmaceutique, la politique de santé en matière d'industrie pharmaceutique et le système d'information de la santé. Par ailleurs, les débats étaient houleux dans certains ateliers où les participants ne sont pas arrivés à un accord sur certaines propositions telles que le rattachement de la Sécurité sociale au ministère de la Santé où des réserves ont été émises ou des propositions ont été carrément éliminées. Ce qui a suscité la colère des participants dont des membres du SNPSP, du SNPSSP et du Syndicat des psychologues, qui ont quitté la salle en signe de protestation. «Toutes les propositions que nous avons émises n'ont pas été mentionnées dans le rapport, alors qu'il y a eu un consensus sur certains points tels que l'abrogation de l'activité complémentaire, le service civil, les comptes nationaux et la carte sanitaire», ont déclaré les docteurs Yousfi et Merabet, respectivement présidents du SNPSSP et du SNPSP. «Nous avons quitté la salle pour interpeller le ministre pour le respect des règles qui régissent les travaux en atelier», a ajouté le Dr Yousfi. Un problème vite pris en charge par le comité d'organisation et, à la lecture des recommandations en plénière, certains points ont été cités. Un problème similaire a été également posé à l'atelier prévention par des associations de malades. Il a fallu l'intervention du ministre de la Santé pour que leurs propositions soient prises en compte. A la clôture des travaux, le ministre, Abdelmalek Boudiaf, a annoncé l'adoption de toutes les recommandations. «Une fois la loi élaborée, la première mouture sera remise à tous les partenaires et d'autres propositions ou omissions pourront être adressées au ministère de la Santé», s'est-il engagé. «La nouvelle loi sanitaire est le plus beau cadeau que l'on puisse offrir aux Algériens», a-t-il ajouté.
