En 1936, accompagné de quelques amis, il rencontra la délégation algérienne qui s'était rendue à Paris pour revendiquer, auprès des autorités françaises, les réformes proposées par le Congrès Musulman. La délégation comprenait notamment cheikh Abdelhamid Ben Badis et cheikh Bachir El-Ibrahimi. En 1938-39, Bennabi fonda, à Marseille, une école pour les analphabètes adultes parmi les travailleurs algériens en France. Devant le succès de son entreprise, les autorités françaises le convoquèrent et lui interdirent de continuer à enseigner dans cet établissement sous le prétexte qu'il n'avait pas de diplôme d'enseignant. En 1947, Malek Bennabi publia à Alger Le Phénomène coranique, qu'il voulait une preuve scientifique du caractère divin du Coran et une réfutation des thèses l'attribuant à une œuvre humaine. Il publia également un roman Lebeik (1948), et des études comme Les conditions de la renaissance (1949), Vocation de l'Islam (1954), et L'afro-asiatisme, à l'occasion de la conférence de Bandoeng. En 1956, il se rendit au Caire, il perfectionne, durant son séjour au Caire, la langue arabe dans laquelle il commença à écrire et à donner des conférences. Il visita, à plusieurs reprises, la Syrie et le Liban pour y donner des conférences. Il était en outre, au Caire, un des conseillers à l'Organisation de la Conférence Islamique (OCI) traitement qui lui permit de se consacrer au travail intellectuel et d'envoyer quelques subsides à son épouse en France Après avoir contacté plusieurs amis et étudiants, il procéda à la traduction de ses œuvres vers l'arabe, langue qu'il adopta par la suite comme langue de travail. En 1963 Malek Bennabi retourne en Algérie où il fut nommé directeur de l'enseignement supérieur. Il démissionne en 1967 pour se consacrer au travail intellectuel, à la réforme et à l'organisation de rencontres intellectuelles qui devinrent plus tard Séminaires de la pensée Islamique que l'Algérie organise chaque année. Il vécut le restant de ses jours en Algérie où il mourut le 31 octobre 1973. Il fut inhumé au cimetière Sidi M'hamed à Alger. Malek Bennabi a à son actif plus d'une vingtaine d'ouvrages traitant de civilisation, de culture, d'idéologie, de problèmes de société ainsi que d'autres sujets tel le phénomène coranique et les raisons de la stagnation de la société musulmane en particulier. Par ses écrits, Malek Bennabi voulait éveiller les consciences musulmanes et relancer une renaissance de la société musulmane. Il n'a de cesse de critiquer vivement l'administration coloniale française par ses écrits et ses conférences. Il n'a jamais accepté la colonisation de l'Algérie par la France et le statut d'indigène octroyé par l'administration de l'époque aux autochtones algériens.
