Pour l'édition 2013, organisée désormais par l'Afrique du Sud à la place de la Libye, exceptionnellement, la phase éliminatoire se déroulera sur deux tours et par matchs aller-retour à partir de janvier 2012. Exit donc, la longue phase de poules puisque les qualifications se déroulent sur un an. A la place, donc, les sélections africaines s'affronteront sur deux tours par élimination directe selon le principe des matchs aller-retour, ce qui offre l'avantage de réduire le nombre de dates. Dans un premier temps, les pays non qualifiés à la phase finale de la CAN-2012 prendront part au premier tour éliminatoire qui permettra de dégager quinze équipes, l'Afrique du Sud étant qualifiée d'office pour 2013 en tant que pays hôte. Ces matchs se dérouleront entre le 15 janvier et le 15 février 2012, autrement dit à la même période que la CAN, organisée au Gabon et en Guinée équatoriale. Au cas où le nombre d'équipes engagées au départ serait supérieur à 45 (la CAF compte 53 membres), un tour préliminaire serait organisé. Dans cette hypothèse, c'est le classement FIFA qui servira de critère pour désigner les équipes contraintes à passer par ce tour préliminaire. Le deuxième tour éliminatoire retiendra les quinze équipes ayant passé le premier tour. Il verra l'entrée en lice des équipes ayant participé à la CAN-2012 et se déroulera également par élimination directe. La répartition des matchs se fera après un tirage au sort intégral, ce qui pourrait faire des dégâts parmi les ténors. En qui concerne la Coupe du monde 2014, organisée au Brésil, les cinq meilleures équipes participant à la phase finale de la CAN-2013 se verront automatiquement qualifiées pour le Mondial. Retour à la normale après l'édition libyenne cependant : après 2013, les éliminatoires retrouveront leur cycle normal étalé sur deux ans. Pour l'édition 2015, le système de groupes sera donc repris.
