Au Moyen Age, la région est peuplée par la tribu berbère des Beni Ouassin, qui s'y est installée à l'époque des Zianides. Descendant de Sidi M'hamed al-Ouassini, ils étaient réputés pour leur combativité et leur bravoure. Durant la résistance à la conquête française, ils serviront dans l'armée de l'Emir Abdelkader et tiendront longtemps tête à l'envahisseur. Maghnia, qui est connue aujourd'hui pour être une zone commerciale importante, par où transitent des marchandises acheminées du Maroc, était déjà, avant la colonisation, un souk important, fréquenté à la fois par les populations sédentaires et les nomades. Dès l'occupation de Tlemcen, en 1836, les Français remarquent l'ancien camp romain, mais ce n'est qu'en 1843 qu'ils décident de l'utiliser. Une ville de garnison est construite, selon un plan en damier, avec des pierres prélevées sur l'ancien camp romain. Le nom antique de Syr provient peut-être du berbère et pourrait signifier «fossé, fente», par référence au fossé qui entourait le camp ; un verbe, suret (fendre, faire une fente dans, être fendu) est attesté en touareg et, en chleuh, sser (percer), avec un dérivé en tamazight du Maroc central, tisirit (parcelle de champ à labourer). Quant au nom moderne, Maghnia, c'est le nom d'une sainte femme, Lalla Maghnia, dont le mausolée a été érigé à la fin du XVIIIe siècle. Cette sainte est encore l'objet de vénération populaire, aussi bien dans l'Ouest algérien qu'au Maroc.
