L'examen et l'interrogatoire achevés, l'acupuncteur préparera ses aiguilles. Il s'agit de fines aiguilles en acier, dont le nombre peut aller jusqu'à quinze. Mais généralement, les acupuncteurs habiles n'utilisent que quelques aiguilles, parfois même une ou deux seulement. Traditionnellement, les aiguilles sont stérilisées à l'eau bouillante. On emploie aussi un récipient autoclave, mais la méthode préconisée est l'emploi d'aiguilles jetables. Les aiguilles non stérilisées ou insuffisamment stérilisées peuvent être des vecteurs d'infections graves, comme l'hépatite ou le sida. Les aiguilles sont enfoncées dans les points choisis, à quelques centimètres de profondeur. Cependant, les médecins chinois allaient jusqu'à 8 centimètres de profondeur. L'enfoncement se fait rapidement, sans faire signer et, généralement sans douleur. Le praticien fera tourner l'aiguille entre son pouce et son index, de façon à concentrer l'énergie ou, en cas de surplus, à la disperser. Le patient ressent une sorte d'engourdissement, au niveau des membres et d'une sensation de délassement. La manipulation des aiguilles ne dure, en général, que quelques minutes, mais selon la nature du mal à traiter et les réactions du patient, elle peut se prolonger jusqu'à une demi-heure. Pour ressentir une amélioration, il faut de quatre à six séances, surtout si le patient souffre de son trouble depuis une longue période. Si le patient voit ses troubles s'aggraver, c'est que l'énergie du corps a été trop stimulée, il devra donc diminuer le nombre d'aiguilles et surtout réduire le temps de pose.
