L'institution militaire et la sûreté nationale suscitent un intérêt majeur chez les six candidats. Ainsi, Benflis envisage, dans les 100 engagements, à réhabiliter le Haut Conseil de sécurité dans ses fonctions d'organe de décision sur les grandes questions touchant à la sécurité de la nation. En outre, l'ex-chef de gouvernement annonce que «le service national sera repensé pour l'adapter aux nouveaux besoins de l'ANP et aux évolutions de la société». Toujours dans ce sens, le candidat promet la création «d'un Institut supérieur des études de défense nationale en vue de promouvoir la réflexion stratégique en matière de défense et de sécurité». Par ailleurs, Benflis projette la création «d'un Haut commissariat de la défense civile en charge de la gestion des catastrophes naturelles majeures». De son côté, Bouteflika juge nécessaire de «prendre en charge de manière plus intense le processus de modernisation et de professionnalisation du potentiel national de défense organisé autour de l'ANP». Le président sortant explique, au passage, que ces deux opérations seront conduites «au service de la préservation de la souveraineté nationale, de l'intégrité territoriale et de l'indépendance du pays». Par la même occasion, Bouteflika souligne la politique de paix, de bon voisinage et de règlement pacifique des différends comme cadre à la mission de l'armée. Quant au candidat islamiste, Djaballah, il prévoit la création d'un ministère spécial pour le corps de la sûreté. Pour le ministère de l'Intérieur, il sera appelé à gérer uniquement «les APC, les dairas et les wilayas». Sur le même chapitre, le chef du MRN recommande «la mise des corps de sécurité et de défense sous le contrôle des juridictions civiles et militaires qui veilleront à l'application des lois». En plus, le candidat conseille de «nouer un lien entre les corps de sécurité et de défense et les choix stratégiques du peuple». Pour ce qui est de Hanoune, et sans expliciter son approche, elle revendique «l'élection d'une Assemblée constituante souveraine détentrice de tous les pouvoirs, qui désigne le gouvernement responsable devant elle, élabore une Constitution qui consacre la souveraineté du peuple». Dans son appel à un Congrès national, la candidate du PT s'est également adressée aux corps constitués pour qu'ils s'engagent «à tout mettre en oeuvre pour sortir l'Algérie de la violence, de l'impasse, c'est-à- dire à restaurer la paix, à garantir le pain, la dignité à toutes et tous». S'agissant de Rebaïne qui n'a soufflé aucun mot sur l'institution militaire, son programme inspiré, de la plate-forme de la Soummam, implique que la primauté du civil sur le militaire constitue un principe fondamental chez le candidat de AHD 54. Sadi, lui, résume le rôle de l'institution militaire en une seule phrase, on ne peut plus claire: «L'armée républicaine a pour mission, dans un cadre constitutionnel organisé, de protéger les institutions et non de les concevoir.» D'autre part, le candidat du RCD estime que «les partenariats et la professionnalisation de l'institution militaire sont autant d'évolutions décisives pour une Algérie démocratique et moderne». Par ailleurs, le candidat a qualifié la neutralité de l'armée lors de cette présidentielle «d'une avancée déterminante».
