شن شيخ الأزهر الدكتور أحمد الطيب هجوما حادا على بعض الفضائيات الدينية بسبب تكفير الشيعة، مشيرا إلى انه لا يوجد مبررٌ واحد لتكفيرهم لا من القرآن ولا من السنة، قائلا "نحن نصلي وراء الشيعة فلا يوجد عند الشيعة قرآنٌ آخر كما تطلق الإشاعات". وأكد الطيب خلال حواره لصحيفة "النهار" اللبنانية انه لا يوجد خلاف بين السني والشيعي يخرجه من الإسلام، إنما هي عملية استغلال السياسة لهذه الخلافات كما حدث بين المذاهب الفقهية الأربعة، وقال "كل الفروق بيننا وبينهم هي مسألة الإمامة". ودعا شيخ الأزهر إلى وحدة الأمة الإسلامية, وكذلك تجميع المسلمين على رؤية واحدة مع اختلاف الاجتهاد، موضحا انه مستعد لزيارة أي مكان يجمع المسلمين, وأنه إذا قام بزيارة العراق فإنه سيزور النجف بصفة خاصة. وأعرب عن أمنياته بأن تكون زيارته إلى العراق بعد حسم مسألة تشكيل الحكومة الجديدة لأن ذلك من الأمور التي تؤذيه. وأوضح انه ليس لديه مانع من الحوار مع الكنيسة الكاثوليكية، مؤكدا أن الوحدة الوطنية في الداخل هي هدفه، وكذلك الوحدة العربية والإسلامية ثم السلام العالمي لأن هذه هي رسالة القرآن, والرسول عليه الصلاة والسلام أرسل للعالمين حتى لغير المؤمن به. وقال "إننا كمسلمين نحرص على بقاء المسيحيين في الشرق لأن بقاءهم وازدهارهم تعبير عن ثراء حضارة الشرق روحيا ومعنويا وثقافيا ودليل على أن الإسلام دين التسامح والتعايش وقبول الآخر", مؤكدا أن حرية العبادة مكفولة وحرية الضمير يقررها الإسلام. وجدد الطيب رفضه لمصافحة أي مسئول إسرائيلي ما دامت الحقوق الشرعية للفلسطينيين مسلوبة, وهذا لا يعني موقفا من اليهود كأصحاب ديانة نحترمها وكأهل كتاب". وقال "إن الاختلاف في التراث الإسلامي موجود منذ عهد الصحابة وجميعهم على صواب "اختلافهم رحمة"، مؤكدا أن "التراث الإسلامي متنوع نجد فيه الرأي والرأي الآخر والثالث والرابع، وإلا ما معنى المذاهب الأربعة مختلفة ومتعايشة في الإسلام؟ بل أن فقهاء المذاهب الواحد يختلفون ومع ذلك يتعايشون". وأضاف أن العقلية الإسلامية عقلية نقدية تنظر إلى الرأي والرأي الآخر، والفكرة والفكرة الأخرى، وتفند النظرية وتنتقد، هذا هو عمل التراث في داخل العقلية الإسلامية" مؤكدا أن "القرآن الكريم يوضح أن الاختلاف سنة كونية، فالاختلاف في اللغة والاختلاف في الجنس والعقيدة، والقرآن يقر حقيقة الاختلاف، وهو مقصد من مقاصد الخلق. رفض نشر المذهب الشيعي وكان الطيب قد أكد أن الأزهر سيتصدى لأي محاولة لنشر المذهب الشيعي في أي بلد إسلامي أو لنشر خلايا شيعية في أوساط الشباب السني، جاء ذلك خلال اللقاء الذي اجري معه في برنامج "واجه الصحافة" مع داود الشريان، والذي بثته قناة "العربية" في ماي الماضي. وشدَّد الدكتور الطيب على أنه سيكون يقظاً ومنتبهاً وسيعمل على إبطال أي أجندة دينية لأي طالب شيعي يدرس في مصر، فهو لا يريد أن يتحول الأمر إلى "مصيدة " للشباب السني، بحسب تعبيره، للتحول للمذهب الشيعي وتتحول بعدها إلى بؤرة، ثم مركز شيعي، فهذا أمر لا يمت للإسلام أو للفكر الإسلامي بصلة. وقال شيخ الأزهر أن التقارب هو تقارب على المستوى الفكري وفي الحدود العلمية فقط، وأنه يرحب بدراسة الطلاب الشيعة في الأزهر لأنه يرى في ذلك فرصة لتعرفهم على المذهب السني. وجدير بالذكر أن الجامع الأزهر هو المؤسسة الدينية الإفتائية العليا في مصر, وهي خاضعة لتدخلات سلطات الحكومة المصرية فيها, وهي تتبنى تدريس المذاهب السنية الأربعة مستبعدة المذهب الشيعي الاثني عشري من دائرة المذاهب المنتمية إلى الدين الإسلامي.
