Après une mission d'évaluation, la Conférence internationale des facultés de médecine (CIDMEF) a rendu son rapport dans lequel elle considère que la faculté de médecine de l'université Badji Mokhtar mérite la reconnaissance CIDMEF car étant en conformité avec ses normes de bases. La commission d'évaluation mentionne en conclusion de son rapport de la visite d'évaluation effectuée en février 2009 que la faculté de médecine de Annaba a beaucoup de potentiel et que ses points forts résident justement dans la « démarche de qualité et une option de développement pédagogique continu ». Parmi les contraintes identifiées, il y a la question de la pléthore d'étudiants, dont la solution demande une action concertée entre toutes les facultés nationales de médecine. Les faiblesses qui entravent la bonne marche de la faculté, le doyen et ses collaborateurs en sont conscients. Destinataire donc de la « reconnaissance CIDMEF », la faculté de médecine est appelée à corriger les dysfonctionnements mis en en exergue dans le rapport des « évaluateurs ». Ces derniers recommandent notamment que la faculté se penche sur l'approfondissement de la réflexion sur les missions et objectifs institutionnels ainsi que sur l'adéquation entre le nombre d'étudiants et les capacités d'accueil, particulièrement en formation clinique. Dans le même sillage, celle-ci devra consentir l'effort requis en matière de recherche et mettre en œuvre une politique de recrutement qui tienne compte des besoins en enseignants dont le déficit est grand, notamment en sciences fondamentales.
