S'il est respecté et salué pour ses actions en faveur de la paix, des droits de l'homme, du dialogue entre les religions et de la démocratie, le pape est, en revanche, très critiqué en Europe à cause de certaines de ses positions considérées « à contre-courant de l'évolution des mœurs ». C'est le cas notamment de ses positions se rapportant à la sexualité. Jean-Paul II s'oppose à l'avortement. Il a mené une guerre contre les préservatifs et est hostile à toute forme de contraception. Le pape considère l'avortement et l'euthanasie comme des « crimes » qu'aucune loi humaine ne peut prétendre légitimer. Ardent défenseur de la culture de la vie, de la conception à la mort, Jean-Paul II est opposé à la peine de mort qui, selon lui, devrait être pratiquement « inexistante ». Sa croisade pour les valeurs morales le conduit à essayer d'intervenir même dans le domaine du politique pour défendre ses positions. A cet effet, en 1981, il a tenté par tous les moyens d'influer sur le résultat d'un référendum en Italie portant sur le maintien ou non de la loi sur l'avortement. En dépit de ses efforts, le pape n'a cependant pas réussi à se faire entendre puisque la loi a été maintenue. Sur cette même lancée, et s'agissant de la contraception, le pape dénonce une sexualité, de son avis « irresponsable », car dissociée de la procréation. Il rejette le divorce, la procréation artificielle qu'il condamne violemment, telle que la fécondation in vitro, ou les recherches menées sur l'embryon à des fins médicales. Le pape s'est attiré les plus violentes critiques lorsqu'il s'est prononcé sur le thème relatif au sida. Rejetant catégoriquement le port du préservatif, le pape prône en contrepartie la fidélité conjugale ou l'abstinence comme moyens de protection face à la maladie. Attachement au continent africain En 1993, dans un pays affecté par le sida, l'Ouganda, le pape en visite avait déclaré : « Sans les liens du mariage, les rapports sexuels sont un mensonge. La chasteté est l'unique manière sûre et vertueuse pour mettre fin à cette plaie tragique qu'est le sida. » Nul n'ignore que ses déclarations ont suscité l'émoi en Occident. Pour y faire face, certains membres de l'Eglise ont essayé de calmer les esprits en admettant l'usage du préservatif. Sur ce point précis, le pape a réservé un intérêt particulier au continent africain. Il l'a sillonné sans relâche en visitant une quarantaine de pays africains au cours de treize voyages apostoliques. Le continent africain a occupé une place privilégiée dans le pontificat de Jean-Paul II. Mais son inflexible doctrine sur la lutte contre le sida et le préservatif fut sévèrement mise en cause. Certains de ses proches expliquent l'attachement du pape à ce continent par le fait que « l'Afrique est blessée par la guerre, les maladies, la sécheresse, la faim, le chômage, jusqu'au commerce des armes. Cette amère réalité justifie la prédilection du pape pour l'Afrique ». Si le pape a toujours plaidé, devant de nombreuses instances internationales, l'allègement, voire l'effacement de la dette des pays en développement, et l'accroissement des aides en leur faveur, il n'a jamais souhaité pour autant que l'Afrique soit un continent assisté. Unanimement saluée dans le monde entier, l'action de Jean-Paul II en faveur de l'Afrique conservera néanmoins une part d'ombre suscitant incompréhension. Il s'agit de la lutte contre le sida. Face aux quelque 20 millions de morts de la maladie sur le continent, la position du pape n'a jamais varié sur cette question. Le même message a été délivré aux populations : « Le contrôle de soi et la chasteté sont les seuls moyens sûrs et vertueux pour mettre un terme à la tragédie du sida. » En 1989, lors d'une conférence internationale sur le sida, le pape, fidèle à ses positions, avait lancé : « Le préservatif est blessant pour la dignité humaine, et donc moralement illicite. » Quant aux malades du sida, il préconisait en leur faveur solidarité et générosité. Concernant l'homosexualité, le pape prône l'abstinence pour les gays et les lesbiennes et a lancé récemment une campagne mondiale contre la reconnaissance légale des unions homosexuelles qu'ils qualifient de « comportements contraires au dessein de Dieu ».
