Voté à 97,36 % en faveur du « oui », lors du référendum organisé le 29 septembre 2005, la charte pour la paix et la réconciliation nationale est entrée en phase d'exécution le 28 février 2006. Les textes d'application suggèrent un délai de six mois pour tout terroriste encore au maquis pour se rendre aux autorités. Le jour J est ainsi arrêté au 31 août 2006 pour les « quelques centaines d'irréductibles » qui persistent à défier l'Etat. Trois cents terroristes ont toutefois répondu à l'appel, selon le ministre de l'Intérieur, Noureddine Yazid Zerhouni. Les estimations faites par les services de sécurité font état de 400 « égarés » qui écument encore les montagnes, notamment dans la région centre du pays. La Kabylie, où de gros moyens viennent d'être déployés par l'Armée nationale populaire à l'effet de « nettoyer » la région où pullule le gros de la troupe, essentiellement issue du GSPC. Les « mesures destinées à consolider la paix », selon le préambule de la charte, visent à l'« extinction » des poursuites de différentes natures. En premier lieu, l'« extinction des poursuites judiciaires à l'encontre des individus qui se sont rendus aux autorités depuis le 13 janvier 2000, date de forclusion des effets de la loi portant concorde civile ». La charte pour la paix prévoit, en outre, l'arrêt des poursuites à l'encontre de tous les individus qui mettent fin à leur activité armée et remettent les armes en leur possession. « Cette extinction des poursuites ne s'applique pas aux individus impliqués dans les massacres collectifs, les viols et les attentats à l'explosif dans les lieux publics », lit-on dans le texte. S'ensuit les individus recherchés et ceux déjà condamnés par contumace, auxquels l'Etat promet sa clémence, pour peu qu'ils se présentent « volontairement » devant les instances algériennes compétentes. On entend aussi « instance compétente », les représentations diplomatiques algériennes à l'étranger. Celles-ci étant instruites à « accueillir » les personnes recherchées établies à l'étranger. Alinéa de taille : l'extinction des poursuites concernant les personnes recherchées « ne s'étend pas aux individus impliqués dans les massacres collectifs, les viols et les attentats à l'explosif dans les lieux publics ». Sont également « pardonnés » tous les individus « impliqués dans des réseaux de soutien au terrorisme, qui décident de déclarer, aux autorités algériennes compétentes, leurs activités ». La grâce pour les individus condamnés et détenus pour des « activités de soutien au terrorisme ou d'acte de violence autres que les massacres collectifs, viols et attentats à l'explosif dans les lieux publics » est également au chapitre. Quant aux « citoyens ayant, suite aux actes qu'ils ont commis, fait l'objet de mesures administratives de licenciement décrétées par l'Etat, dans le cadre des missions qui lui sont imparties », la charte prévoit une « normalisation définitive de leur situation sociale ». Les entreprises et les administrations sont ainsi tenues de réintégrer à leurs postes aussi bien les « repentis » que les militants de l'ex-FIS. Pour ce qui est des disparus, la charte définit clairement qu'il s'agit d'une « conséquence de l'activité criminelle de terroristes sanguinaires ». Ce passage sera d'ailleurs fortement décrié par les associations des parents des disparus qui ne cessent de revendiquer la « vérité ». Ces associations affirment détenir des preuves quant à l'« implication directe », dans certains cas, des services de sécurité dans la disparition de leurs proches. La charte considère que les actes répréhensibles d'agents de l'Etat, qui ont été sanctionnés par la justice chaque fois qu'ils ont été établis, « ne sauraient servir de prétexte » pour jeter le discrédit sur l'ensemble des forces de l'ordre. Les services de sécurité, mentionne la charte, ont accompli leur devoir, avec l'appui des citoyens, et au service de la patrie. Néanmoins, prévoit la charte, « l'Etat prend en charge le sort de toutes les personnes disparues (considérées comme victimes de la tragédie nationale) et il prendra les mesures nécessaires en connaissance de cause ».
