Les ressources en eaux souterraines du Sahara septentrional sont contenues dans deux immenses aquifères qui sont le continental intercalaire (CI) et le complexe terminal (CT). Le premier est un réservoir d'eau qui s'étend sur 600 000 km2, sa température dépasse les 60°C, son alimentation est relativement faible et se fait par ruissellement à la périphérie du réservoir. Le complexe terminal se localise, quant à lui, dans le Sahara occidental et s'étend sur une superficie de 350 000 km2. Les potentialités en eau de ces aquifères sont de l'ordre de 156 m3/s, soit environ 5 milliards de m3 par an jusqu'à l'horizon 2040, selon le modèle ERESS 1985. La situation est montre que l'exploitation de ces aquifères atteint un seuil alarmant et constitue un risque majeur, non seulement pour le Sahara algérien mais aussi pour plusieurs pays voisins. Selon les constatations du plan directeur général des régions sahariennes, l'évolution des différents termes du bilan en eau de la nappe sur la période 1957-1998 montre que, pour faire face à l'augmentation des prélèvements, la nappe réduit le débit de ses sorties naturelles mais surtout déstocke énormément avec une tendance à la réduction progressive du débit des foggaras. C'est pour remédier à cette situation que l'Algérie, la Tunisie et la Libye ont mis en place dernièrement un modèle mathématique appelé Système aquifère du Sahara septentrional (SAS), qui a commencé à fonctionner en 2006. Ce système a été mis au point par un ingénieur de l'Agence nationale des ressources hydriques (ANRH) au niveau de l'Organisme sahélo-sahélien (OSS). Basé à Tunis, ce système mathématique a pour objectif de contrôler les prélèvements excessifs de la nappe phréatique située entre les frontières de ces trois pays, prévenir toute atteinte au continental intercalaire et créer une base de données complète et aisément accessible sur le système aquifère et les utilisations de l'eau au Sahara, afin de permettre à long terme d'améliorer les connaissances acquises par l'entretien et l'actualisation des modèles, le pilotage de programmes de recherches, la proposition de sujets de thèse, la publication des résultats obtenus et l'organisation de colloques, etc. Outre le lancement du SASS auquel l'Algérie participe activement, la protection des nappes du Sahara septentrional du gaspillage et de la pollution due aux rejets des eaux résiduelles, prend la forme de deux projets de réhabilitation des réseaux d'assainissement et de lutte contre la remontée des eaux dans les wilayas de Ouargla et d'El Oued qui enregistrent d'importants prélèvements et déperditions en réseau depuis plusieurs années, ce qui a fait de la remontée des eaux un phénomène écologique spectaculaire et un danger, autant pour l'environnement que pour la santé des habitants et l'économie locale, notamment l'agriculture.
