Même si elle n'était pas en vogue à l'époque, la grâce amnistiante avait pourtant bénéficié à Mahfoudh Nahnah en 1979 et à des membres du Mouvement islamique armé (MIA) en 1989. Comme quoi, le débat actuel autour de cette disposition ne sort pas d'une pratique déjà assumée par les pouvoirs publics. En 1976, lors du débat sur la charte nationale, un groupe - dont faisaient partie Abassi Madani et Mahfoud Nahnah - juge qu'il pouvait affronter le Pouvoir et engage des actions comme celle ayant conduit à scier des poteaux électriques autour d'Alger. Nahnah, avec 17 autres personnes, sera condamné à 15 ans de travaux forcés, mais il sera gracié en 1979, juste après la mort du président Houari Boumediène. C'est-à-dire juste après que Chadli Bendjedid eut accédé au pouvoir. Réélu le 22 décembre 1988, il fait adopter, en février 1989, une nouvelle Constitution. C'est d'ailleurs, en septembre 1989, qu'il autorise la création des partis politiques et l'ouverture démocratique. Vint alors le 1er novembre 1989, et c'est à l'occasion de la commémoration du 5e anniversaire du déclenchement de la Révolution du 1er Novembre que le président Bendjedid prononce une grâce dont bénéficieront notamment des militants du MIA. Première organisation islamiste armée en Algérie, elle fut fondée et dirigée par Mustapha Bouyali abattu le 5 février 1987. Bouyali, ancien capitaine de la Wilaya IV pendant la Révolution, s'était lancé, avec quelques partisans, dans des opérations de guérilla en assassinant des gendarmes. En 1982, alors que la tension entre le régime de l'époque et les islamistes montait dangereusement, les modérés avaient projeté d'envoyer une délégation d'oulémas demander audience au président Chadli. Mais après l'arrestation en novembre de la même année (suite à la diffusion du manifeste du cheikh Soltani) de 21 militants islamiques et la mise en résidence surveillée des deux cheikhs, la rencontre a été annulée. Le mouvement n'avait pas pour autant coupé tous ses ponts avec le régime : puisqu'il a empêché la campagne d'Amnesty International en faveur de ses 21 militants qui étaient torturés en prison afin de ne pas provoquer une rupture avec les dirigeants. Les rescapés du MIA comme Chebouti, Miliani ou Baâ se sont répartis, à la faveur de l'insurrection du FIS, entre les différents groupes armés (exemple GIA).
