Les historiens évoquent quelques tentatives d'incursion dès 1881, mais elles seront repoussées par les populations de ces régions, les Touareg en particulier. Un haut gradé de l'armée française, chargé de l'expédition, le lieutenant-colonel Flatters, sera, d'ailleurs, massacré par les populations. Le Sahara connaîtra, dans sa globalité, plusieurs actes de résistance qu'il s'agisse des Zaatcha, des Ouled Sidi Cheikh ou des Touareg qui livrèrent plusieurs batailles sanglantes à l'envahisseur dont celle de Inhawen en 1881 ou celle de Ilman en 1917. Ces résistances, dont la plus connue est celle des Akhamokh, ont retardé l'annexion des troupes françaises des régions du Tassili, de l'Ahaggar et du Touat. La situation connaîtra un semblant d'accalmie sur l'ensemble du territoire, mais l'éveil de la conscience nationale a fini par précipiter les événements durant les années 40 avec l'appel à la lutte pour l'indépendance et l'avènement de la Révolution de novembre. Celle-ci s'organise rapidement et gagne des pans entiers de la population, dans les villes et les douars. Les responsables de l'ALN, au congrès de la Soummam, décident, alors, la création de la sixième wilaya qui devra mobiliser aussi les régions sahariennes et ce, pour organiser les mouvements de résistance à la présence française. Elle devrait, aussi, exprimer, dans l'esprit des dirigeants de la Révolution, surtout, la continuité territoriale de l'Algérie, de In Guezzam à Alger, et, du coup, couper court aux visées de la France qui considérait le Sahara comme un territoire à part, distinct des régions côtières... Le Sud, d'ailleurs, est considéré par les historiens comme le « bastion de la Révolution » et Hadj Moussa Akhamokh, un de ses symboles. L'amenokal du Hoggar tint déjà tête, pendant 36 ans, à l'invasion française. Ce dernier fut, dit-on, « l'interlocuteur de la région avec les responsables de l'ALN du Nord » et avait, dès 1956, « supervisé, en personne, la distribution des armes ramenées de Libye » pour ses combattants. En 1960, les responsables de l'ALN décident de mieux activer ce front Sud pour mobiliser les populations des régions sahariennes et d'assurer, aussi, la livraison des armes à partir des pays voisins et africains sympathisants de la Révolution. Cette mission sera confiée à Abdelkader El Mali, c'est à dire à Abdelaziz Bouteflika et à ses compagnons d'armes que sont Ahmed Draia, Mohamed Cherif Messadia et Abdellah Belhouchet. Selon les historiens, la stratégie de la Révolution algérienne, en optant pour la mobilisation et l'incorporation des enfants de la région du Sud dans les rangs de l'Armée de libération nationale, visait aussi à « contrecarrer les desseins du colonialisme » qui voulait en faire un territoire autonome rallié à la France. La région de l'Ahaggar a connu d'importantes batailles, à l'exemple de celles de Tahart, Tagmart, Abalessa et Outoul. Toujours dans les régions sahariennes, à Ouargla, les militants du FLN devaient organiser, le 27 février 1962, une manifestation populaire pour dire non au plan de séparation de De Gaulle. Celle-ci devait coïncider avec l'arrivée d'une délégation du gouvernement français conduite par Max Le Jeun et des délégués de l'ONU. Cette visite était destinée à « promouvoir la politique séparatiste du Sahara du reste du territoire national ». Une manœuvre que la direction du FLN tentera, coûte que coûte, de déjouer en donnant l'ordre à la population de la région d'organiser des manifestations pour exprimer son attachement à l'unité du territoire et son intégrité et, par delà, le refus de toute compromission avec la politique de De Gaulle de créer « un territoire regroupant toutes les tribus touareg de toute la région ». La bataille de l'Erg et la désertion des méharistes de Hassi Sakka Outre le rejet des Touareg, des M'zab et d'autres populations comme à Touggourt et à Ouargla de l'offre de De Gaulle qui devait, en fait, lui assurer une main basse sur les richesses du Sahara, on peut citer encore plusieurs autres actes de résistance dans les régions sahariennes. L'histoire retiendra la grande désertion de Hassi Sakka, à 60 km entre Adrar et Timimoun, qui a eu lieu le 15 octobre 1957, de 63 méharistes. Cet exploit marqua le début d'une épopée de combats, dans la région de Timimoun, baptisée la bataille de l'Erg. Les huit soldats français qui les accompagnaient ont tous été tués. Les méharistes ont rejoint l'ALN mais la bataille de l'Erg a donné lieu à une opération de représailles de l'armée française lancée le 13 novembre 1957 sous le commandement du général Bigeard avec la mobilisation de toute une division composée de 1.570 soldats, dont 1.000 parachutistes, 200 légionnaires, 100 commandos, 100 méharistes avec des Land-Rover, 11 avions de chasse et bombardiers et 6 hélicoptères. Selon des témoignages, cette opération réussie des méharistes algériens n'était pas fortuite ni improvisée, elle est « le résultat de plusieurs mois de préparation par le commandement du FLN, de la Wilaya V – zone 8 - région 2 de Béchar. Elle intervient dans un contexte particulier, la découverte du pétrole en Algérie qui avait donné des idées à la France, notamment celle qui consistait à séparer le Sahara du Nord. Une loi, promulguée le 10 janvier 1957, portant création de l'Organisation commune des régions sahariennes, devait donner corps à ce projet. Pour accomplir ses desseins, le 10 mars, le général De Gaulle entreprend une tournée au Sahara avec une visite à Béchar et à Hassi-Messaoud. Cette région devait aussi servir aux essais nucléaires que la France avait préparés pour entrer dans le club atomique. Le 7 août 1957, le président français décide, pour achever la séparation définitive du Sahara du reste de l'Algérie, la création des départements de la Saoura et des Oasis comme « départements sahariens de la République française ». Tout cela a pu être déjoué grâce à la vigilance des leaders de la Révolution, le travail de mobilisation des populations et la poursuite de la résistance sous la bannière de l'ALN-FLN.
