L'architecture de Djamaâ El Djazaïr remonte au type le plus ancien des mosquées, la mosquée à colonnades. L'agencement architectural de la salle de prière repose sur 618 colonnes octogonales blanches qui s'ouvrent vers le haut comme des fleurs, tout en offrant l'espace pour les conductions techniques. La majorité des colonnes ont été installées ainsi que la structure de la coupole. Concernant le minaret, qui sera le plus haut du monde, dans ses étages 4 à 20 se trouveront un musée de l'art et d'histoire islamiques ainsi qu'un centre de recherche sur l'histoire de l'Algérie. Le minaret se divise en divers secteurs fonctionnels qui peuvent être atteints par des ascenseurs panoramiques. Au niveau de la pointe de la tour, est prévue une plateforme de vue avec restaurant. Situé dans la partie sud du terrain, le centre culturel héberge une immense bibliothèque avec une salle multimédia, une vidéothèque et une cinémathèque, tandis qu'un autre édifice abritera un centre de congrès ayant une capacité de près de 1.500 participants. Quant à Dar El Qoran, elle fera office d'école à rayonnement international, en offrant la possibilité à 300 étudiants nationaux et étrangers de niveau de troisième cycle d'approfondir leurs connaissances en culture islamique. L'aménagement extérieur du site devra aussi faire l'objet d'une attention toute particulière. Les espaces boisés existants et qui seront créés au cours de la réalisation de la mosquée feront partie de l'ensemble des espaces verts, qui offriront aux visiteurs une certaine quiétude lors de leurs déplacements ou promenades. Outre sa portée religieuse, culturelle et touristique, Djamaâ El Djazaïr, dans laquelle de nouvelles techniques de construction sont utilisées pour la première fois en Algérie, sera une référence technique pour les projets à venir. A titre d'exemple, un dispositif de résistance aux tremblements de terre a été réalisé dans le sous-sol de la salle de prière, à travers un système d'isolation sismique composé de 250 isolateurs. Cette technique conçue et testée dans de grands laboratoires internationaux permet à la bâtisse de Djamaâ El Djazaïr de résister même à un séisme majeur dépassant les 7 degrés sur l'échelle de Richter. A noter que l'Agence nationale de réalisation et de gestion de Djamaâ El Djazaïr (Anargema), chargée de ce projet, a été placée, en novembre 2014, sous la tutelle du ministère de l'Habitat.
