L?anéantissement des Almohades, en 1269, déclencha une rude bataille commerciale entre chrétiens (Espagnols) et musulmans pour le contrôle des ports de la Méditerranée. La région fut partagée entre trois dynasties berbères : les Mérinides à Fès, les Abdelwadides à Tlemcen et les Hafsides à Tunis. Dès la fin du XVe siècle, après la reconquête chrétienne (la Reconquista) de la totalité de l?Andalousie, l?Espagne occupa plusieurs ports de la côte algérienne (Mers el-Kébir, Oran, Béjaïa). Les Abdelwadides acceptèrent le protectorat espagnol, mais les autorités religieuses des villes portuaires, soutenues par la population, engagèrent des corsaires qui capturaient les navires marchands et retenaient l?équipage et la cargaison en échange d?une rançon. En 1518, Alger et plusieurs autres ports furent assiégés par les Espagnols ; les Turcs ottomans furent appelés à la rescousse. Les Barberousse, deux frères corsaires ? d?origine grecque ou sicilienne, selon les sources, et convertis à l?islam, obtinrent du sultan Soleymane le Magnifique d?être envoyés en Afrique du Nord avec une flotte. Ils chassèrent les Espagnols de la plupart de leurs nouvelles possessions et résistèrent au siège de Charles Quint devant Alger (1541). Les Abdelwadides furent déposés en 1554, et Khayr al-Din, le plus jeune des Barberousse, fut nommé beylerbey, c?est-à-dire représentant du sultan en Algérie. Proconsuls militaires d?Afrique, ces «rois d?Alger» exercèrent leur autorité non seulement sur la zone littorale, mais aussi sur les pachas de Tunisie et de Tripolitaine. En raison de son éloignement de Constantinople, la régence d?Alger fut gouvernée comme une province autonome. Conséquence indirecte de la Reconquista, l?établissement des Ottomans en Algérie déboucha sur la mise en place d?une monarchie élective et de formes de gouvernement qui marquèrent profondément l?Algérie. Au XVIIe siècle, Alger choisissait son dey qui recevait ensuite l?investiture de Constantinople. L?ordre était en principe assuré par deux forces militaires rivales, l?odjaq, la milice des janissaires, et la taïfa des raïs, la corporation des corsaires. Mais l?arrière-pays ? le Sud, le Constantinois, la Kabylie ? échappait au pouvoir de la régence d?Alger, qui fut essentiellement une «colonie d?exploitation». Le pouvoir ottoman eut recours à la formation de smalas (colonies militaires) et aux maghzens, des tribus privilégiées qui faisaient rentrer l?impôt.
