Après son séjour en Ecosse, Cardan revient à Milan, avec une réputation encore plus grande et beaucoup d?argent. Il refuse des offres de service flatteuses et se consacre à l?enseignement. Mais il connaît un grand chagrin quand, en 1560, son fils aîné, qui est également son préféré, Battista, est exécuté pour avoir assassiné sa femme. Il quitte Milan et se fixe à Bologne où il enseigne la médecine. La conduite immorale de son second fils lui attire des ennuis et il est contraint de le faire expulser. Il écrit beaucoup, mais certaines productions, comme l?horoscope de Jésus-Christ et l?éloge de Néron, vont le faire accuser d?hérésie. L?Inquisition, le terrible tribunal ecclésiastique, le condamne à une forte amende et à quelques mois de prison. Il doit aussi abjurer ses doctrines et s?engager à ne plus rien écrire. Il aurait, ainsi qu?il l?affirme lui-même, brûlé cent vingt manuscrits. Il se rend à Rome où il rédige son autobiographie et où il meurt le 20 septembre 1576, laissant, en manuscrits, une ?uvre importante. Si de son vivant, Cardan a été surtout connu comme médecin, c?est dans le domaine des mathématiques et de l?astrologie que la postérité conserve son nom. Il est l?auteur de procédés de résolution des équations du troisième et du quatrième degré, exposé dans son livre intitulé Ars magna. Dans un autre de ses ouvrages, Liber de ludo alea, publié après sa mort, il expose le premier, de façon systématique, un siècle avant Pascal et Fermat, le calcul des probabilités.
