Annaba a longtemps porté le nom de Hippo, que l'on fait provenir du phénicien hubo (golfe), mais le nom n'est peut-être que la déformation d'un toponyme berbère antérieur aux Phéniciens, ibo ou ifu, b/p étant la transposition d'un f berbère (comme dans Tipaza/Tifas) : ce toponyme pourrait se rattacher à un verbe comme ufi (être caché), attesté en chleuh, et qui a donné le nom abri en touareg, efi (abri, lieu où on peut se mettre à couvert). Le nom de Buna porté au Moyen Age provient de l'antique Hippo, il sera repris par les Français sous la forme Bône. Au Moyen Age, la ville a été appelée successivement Madinat Zawi, la ville de Zawi, du nom d'un des princes qui la gouvernèrent. Elle reçut aussi le nom de Madinat Sibus, par référence à l'oued Seybouse qui traverse la région, puis Balad al-‘Unab, en arabe la ville des jujubiers, qui donnera le nom actuel de Annaba. Ce nom était déjà attesté au XVIIe siècle. Le voyageur espagnol Marmole l'évoque en ces termes : «Les Arabes l'appellent ville des jujubes, à cause de l'abondance de ce fruit dans la région... Les chrétiens, eux, la nomment Bona, avec plus de raison, parce que c'est le meilleur pays et le plus fertile de toute la Barbarie.» Marmole explique ici Buna par le roman bona (bonne), ce qui est évidemment une étymologie fausse.
