Le comportement despotique de Goma va provoquer la révolte de ses vassaux, un kel Ajjer, Biska, parvient à le tuer, et un chef Oraghen, Touareg du Niger, que Goma voulait soumettre, renverse la dynastie des Imanan, soumet leurs anciens vassaux et se proclame amenokal des Kel Ajjer. Djanet fait partie du domaine des nouveaux maîtres du Tassili, auxquels elle fournira des provisions, notamment du blé, de l'orge et des dattes. Mais c'est Ghat qui sera le centre économique des nouveaux suzerains vers lequel convergeront les caravanes.Dans la seconde moitié du XIXe siècle, une course s'engage entre les Français et les Anglais pour la domination du Sahara, puis les deux puissances signent, en 1890, un accord établissant les zones d'influence au Sahara central et oriental. Mais c'est compter sans les Turcs, demeurés en Libye, qui occupent Ghadamès et Ghat et qui revendiquent Djanet. Quand l'envoyé des Français, le capitaine Touchard arrive à Djanet, le 19 janvier 1905, pour négocier la soumission du sultan Amoud, il trouve le drapeau turc flottant sur le ksar. Alors que l'aménokal Inguedazen, chef suprême des Kel Ajjer, est prêt à négocier avec les Français, le sultan Amoud demande aux Turcs de venir occuper Djanet.
