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«Elle est l'œuvre d'un avocat qui instrumentalise un dossier à des fins idéologiques» Le juge Bruguière évoque l'affaire de Tibhirine dans un livre entretien :
De notre correspondant à Paris Merzak Meneceur Issu d'une famille où on est juge de père en fils depuis au moins dix générations, le juge Jean-Louis Bruguière, dont la carrière était toute tracée dès sa naissance, comme pour respecter une forme de destinée (un privilège ?) ancestrale, rêvait de devenir magistrat. Un magistrat des temps modernes où la médiatisation, pour un métier de l'ombre, est inévitable lorsque c'est la lutte antiterroriste qui constituera l'essentiel des dossiers à traiter, sa raison d'être, durant presque trente ans de carrière. Des dizaines de dossiers sensibles passeront entre ses mains : l'attentat du DC 10 de l'UTA, l'assassinat de l'Iranien Chapour Bakhtiar, les attentats corses ou palestiniens, puis ceux du GIA et les réseaux de soutien aux terroristes en Algérie, Al Qaïda, etc. Magistrat depuis 1973, il met fin à sa carrière en 2007. Aujourd'hui, libéré de l'obligation de réserve, sauf sur les affaires en cours et, certainement, les secrets d'Etat, il a décidé de «tout dire» dans un livre entretien avec le rédacteur en chef de l'hebdomadaire L'Express, Jean-Marie Pontaut. Il va sans dire que la lutte contre le terrorisme des intégristes musulmans prend une part importante dans le volumineux livre Ce que je n'ai pas pu dire, (éditions Robert Laffont) du juge d'instruction qui a tenu à rappeler, lors d'une conférence de presse donnée au Centre d'accueil de la presse étrangère de Paris, que «la France a été à l'avant-garde de la lutte contre le GIA» alors que «les Etats-Unis, jusqu'en 2001, n'ont pas pris conscience de la menace d'El Qaïda». Après sa description détaillée, dans l'ouvrage La montée des périls», du début des années 90 à l'arrêt du processus électoral, il affirme qu'«aujourd'hui, avec le recul, il faut bien reconnaître que, sans ce choix, nous aurions probablement un Afghanistan à notre porte et un Maghreb «talibanisé». Il est très critique à l'égard des Etats-Unis, concernés par le terrorisme qu'après les attentats du 11 septembre 2001, qui, «non sans arrière-pensées géopolitiques et stratégiques, jouaient en sous-main la carte du FIS, mouvement islamiste jugé modéré de ce côté de l'Atlantique». Tout comme «l'Europe condamnait Alger mais laissait le pouvoir lutter seul contre l'islamisme radical». Il relève également «l'erreur historique et stratégique de Bush en Irak, un facteur de déstabilisation, un cadeau immense fait au terrorisme». En évoquant les enquêtes menées, avec l'aide internationale, sur les attentats commis en France par le GIA dans les années 90 et les réseaux de soutien aux intégristes algériens, le juge Bruguière est prolifique. Il raconte dans le détail, sur de nombreuses pages, le minutieux travail accompli pour arrêter les coupables et détruire logistiques et réseaux de soutien, anéantir les filières d'envoi de jeunes se former au terrorisme en Afghanistan jusqu'à la condamnation des coupables. Dans ses conclusions, le juge Bruguière évoque les moines de Tibhirine pour dire que cette affaire «est l'œuvre d'un avocat qui instrumentalise un dossier à des fins idéologiques». Assurant que l'enquête sur l'assassinat des moines «a été menée sans parti pris», il cible l'avocat en question : «Maître Beaudouin, l'avocat des parties civiles, campé sur ces certitudes, tend à imposer sa vision exclusive du dossier. Il ne s'agit pas de chercher la vérité. Elle est décrétée […] En fait, maître Beaudoin est un ayatollah de la pensée unique, le gardien de la forteresse vide» où il a enfermé jalousement ses certitudes». A la fin de ce livre, aussi passionnant qu'intéressant par son apport d'informations et d'analyses, le juge Bruguière estime que la France «doit demeurer vigilante» face au terrorisme car «les menaces sont multiples et d'horizons divers».
