À l'été 1959, le GPRA (Gouvernement provisoire de la République algérienne) est miné par une crise interne latente. En effet, les colonels, notamment les 3B (Ben Tobbal, Boussouf et Belkacem Krim), veulent prendre, à eux seuls, les commandes de la révolution. Bien que leurs voix, dans les différentes réunions, soient prépondérantes, il n'en demeure pas moins qu'au début de l'été 1959, ils entendent écarter uniment les personnalités civiles du gouvernement provisoire. Selon Ferhat Abbas, dans « L'autopsie d'une guerre » : « Le GPRA se réunit au Caire le 29 juin 1959. Je présidai. Krim prit la parole et proposa la nouvelle formule de l'exécutif. Cette proposition aussi saugrenue qu'inacceptable souleva l'indignation de Ben Khedda, de Mehri, du Dr Lamine Debaghine, du colonel Mahmoud Cherif et du Dr Francis. Tewfik El-Madani et Yazid observèrent un silence prudent.» En fait, dans l'esprit des trois colonels, le GPRA doit être remplacé par une équipe restreinte. Laquelle équipe sera composée par les auteurs de la proposition. Ils pensent ainsi juguler la vague de contestation venant des maquis de l'intérieur et des divers groupes stationnés aux frontières. Quoi qu'il en soit, cette course pour le pouvoir n'est pas de l'avis de tous les colonels. Un jour, raconte Ferhat Abbas, le colonel Lotfi est venu le voir dans sa chambre d'hôtel au Caire. Il était alors dépité par les intrigues de certains de ses collègues. Bien qu'il soit colonel lui aussi, il refuse que la révolution soit l'otage de quelques-uns. Il essaie à sa façon de tirer la sonnette d'alarme. En dépit de sa bravoure, il se confie à Ferhat Abbas avec un air désespéré : « Notre Algérie va échouer entre les mains des colonels, autant dire des analphabètes. J'ai observé, chez le plus grand nombre d'entre eux, une tendance aux méthodes fascistes. Ils rêvent tous d'être des « Sultans » au pouvoir absolu. » Surtout, ce vaillant colonel n'est pas optimiste pour la suite. Pour lui, bien que la France parte de l'Algérie, si les méthodes de gérer la révolution n'évoluait pas, le pays risquerait d'aller à vau-l'eau. Pour justifier ses craintes, le colonel Lotfi étaie son propos en disant au président du GPRA en exercice : « Derrière leurs querelles [Les 3B], ajoute-t-il, j'aperçois un grave danger pour l'Algérie indépendante. Ils n'ont aucune notion de la démocratie, de la liberté, de l'égalité entre les citoyens. Ils conservent du commandement qu'ils exercent le goût du pouvoir et de l'autoritarisme. Que deviendra l'Algérie entre leurs mains ? Il faut que tu fasses quelque chose pendant qu'il est encore temps. Notre peuple est menacé. » Hélas, à ce moment-là, la noria fut lancée. Depuis la liquidation d'Abane, les rênes de la révolution furent entre les mains des 3B. Du coup, seule une personnalité, ayant sous ses ordres des troupes, peut leur disputer le pouvoir. Cette occasion arrive le mois de décembre 1959. Dix colonels sont invités pour se prononcer sur la crise secouant le GPRA depuis quelques mois. Dans cette réunion, le colonel Lotfi s'est distingué par ses remises en cause de l'autorité des 3B. Il leur demande de quitter la réunion ou d'inviter les autres membres du gouvernement. Le colonel Lotfi, avec le colonel Slimane Dehiles, déploie tous ses efforts pour que le danger militariste soit écarté. Hélas, l'affaiblissement des 3B, lors de la réunion du CNRA (Conseil national de la Révolution algérienne) de janvier 1960, ne profite pas aux civils. À leur place, une nouvelle force a fait son apparition. Il s'agit de l'EMG (Etat-major général), commandé par Houari Boumediene. Ainsi, malgré l'injonction du CNRA pour que les militaires se trouvant aux frontières rentrent en Algérie, le colonel Boumediene fait la sourde oreille. Pourquoi va-t-il risquer sa vie en Algérie, du moment qu'il a sous la main les effectifs nécessaires pouvant lui assurer le pouvoir dans l'Algérie indépendante ? La suite des événements va nous prouver que les craintes du colonel Lotfi sont réelles. En effet, avant la fin de la guerre, le colonel Boumediene se projetait dans l'après-guerre. En tout cas, les décisions du CNRA de janvier 1960 restent sans effet. Pour Ferhat Abbas : « Seuls exécutèrent cet ordre le colonel Ben Cherif, le colonel Lotfi et son suppléant, le commandant M'barek, enfin le commandant Zbiri. » Hélas, dans cette guerre injuste, l'Algérie a perdu ses meilleurs enfants. Après Ben Mhidi exécuté par les paras, après l'assassinat d'Abane par ses pairs, le colonel Lotfi tombe au champ d'honneur, le 29 mars 1960. Toutefois, avant de rentrer en Algérie, il a tenu à rendre visite, pour la dernière fois, au président du GPRA en exercice. De cet entretien, Ferhat Abbas relate les appréhensions du colonel Lotfi : « L'atmosphère au sein de la Délégation extérieure lui faisait peur. Les luttes sourdes des colonels ne lui avaient pas échappé. Il en était épouvanté : J'aime mieux mourir dans le maquis que de vivre avec ces loups.» Avec la disparition du colonel Lotfi, l'Algérie a perdu un colonel exemplaire. Tout compte fait, de ses collègues ayant le même grade, ceux qui pensaient restituer le pouvoir au peuple furent rares. D'une façon générale, les craintes du colonel Lotfi se sont avérées exactes. Avant même le cessez-le-feu, le colonel Boumediene remit en cause l'autorité du GPRA. Dans la course pour le pouvoir, il compte imposer sa vision. Pour ce faire, il envoie le commandant Abdelkader, alias Abdelaziz Bouteflika, au château d'Aulnoy où sont emprisonnés les 5 chefs historiques, recruter l'un d'eux. Après le refus de Boudiaf, Bouteflika convainc Ben Bella. Finalement, avant même que les Algériens se prononcent pour leur autodétermination, la question du pouvoir a été tranchée en dehors du peuple. Depuis, cette règle reste de mise. Cinquante ans après, les responsables désignent le chef avant que le peuple dise son mot.
