Si le scrutin s'est déroulé dans un climat relativement serein à travers l'écrasante majorité des centres de vote de la wilaya, placés pour la circonstance sous très haute surveillance policière, plusieurs incidents ont été néanmoins enregistrés dans certaines municipalités de Béjaïa. Les hostilités ont été signalées avant même l'ouverture des bureaux de vote dans la commune d'Aït Rezine relevant de la daïra d'Ighil Ali où des groupes de manifestants ont incendié des urnes dans la nuit de mercredi pour manifester leur rejet des élections. L'intervention des forces de l'ordre a permis de rouvrir dans la matinée de jeudi les bureaux de vote saccagés. La même tension a été observée à Baccaro, dans la cité balnéaire de Tichy où également un bureau de vote a été détruit par des manifestants opposés aux présidentielles. Des échauffourées ont éclaté également entre des manifestants et les forces de police dépêchées sur les lieux pour sécuriser le scrutin. Plus loin à Souk El Tenine, sur la côte Est aussi, des affrontements ont eu lieu dans la soirée à la fin des opérations de vote entre des manifestants et la police. Au village d'ighil Guendouz dans la commune de Ferraoun, des jeunes insurgés ont volé en plein opération de vote une urne. A Sidi-Aïch, l'interpellation d'un jeune militant du MAK a failli mettre le feu aux poudres dans la soirée de jeudi. Des heurts ont été signalés entre la police et les jeunes manifestants. Le calme s'est aussitôt réinstallé dans la nuit de jeudi après la libération du militant du MAK par la police.
