Parmi les menaces majeures qui pèsent sur les récifs coralliens figurent les pressions anthropiques locales, souvent chroniques, liées aux activités humaines en zone côtière et qui ont un impact localisé et immédiat, et les pressions naturelles, dont les effets des changements globaux. L'accroissement de CO2 dans l'atmosphère, notamment, représente une menace croissante, qui risque d'avoir un impact à plus large échelle et à plus longue échéance et qui viendra compliquer les réponses des communautés coralliennes aux pressions locales (comité scientifique de recherche océanographique, SCOR, Boston 1998). Les pressions naturelles Communes à l'ensemble des DOM-TOM, les caractéristiques inhérentes aux îles de la zone tropicale sur le plan climatique, sur le plan du relief et de la pédologie, font que les causes naturelles jouent un rôle déterminant dans l'évolution des récifs coralliens. Les pressions liées aux causes naturelles peuvent s'exercer indifféremment sur toutes les zones du récif, frangeant ou barrière, contrairement aux pressions liées aux activités anthropiques qui s'exercent principalement sur la frange littorale, donc sur les récifs frangeants. Les changements globaux Les travaux du SCOR (Boston, 1998) révèlent que «le taux de CO2 atmosphérique devrait continuer à croître. Cet accroissement devrait entraîner une réduction du pourcentage de saturation en aragonite dans les couches superficielles de l'océan, ce qui pourrait conduire à une réduction du taux de calcification par les coraux, et constituer une menace certaine pour le fonctionnement des écosystèmes coralliens. L'accroissement probable de la température de surface pourrait conduire à des déplacements des isothermes généralement associés à la distribution des récifs coralliens dans le monde et à des dégradations locales ou régionales de récifs coralliens, en relation avec des épisodes de température élevée de l'eau de mer. Les taux projetés d'élévation du niveau de la mer (entre 15 et 95 cm en 2100) ne sont pas un facteur limitant sauf si, en raison de l'accroissement de CO2 et des autres pressions, le taux de calcification était insuffisant pour que les récifs compensent l'élévation du niveau de la mer. L'accroissement en intensité et en fréquence des rejets des rivières pourrait accroître la turbidité des eaux côtières, ainsi que les apports en nutriments et en autres pollutions dans les récifs coralliens côtiers. L'intensité et la fréquence des cyclones pourraient augmenter de 10 à 20% d'ici à 2070. Les cyclones Les cyclones, comme les tempêtes de moindre importance, sont reconnus à long terme comme l'un des facteurs majeurs de l'évolution géomorphologique des récifs et des îles coralliennes, formées par les débris arrachés au récif pendant les fortes tempêtes cycloniques. Outre l'impact direct de destruction dû à la force des houles cycloniques, les cyclones ont un effet indirect en raison de l'importance des transports solides par les rivières. Ceux-ci induisent une forte sédimentation de matériel terrigène en zone lagonaire, au débouché des rivières, qui provoquent l'asphyxie des coraux. Les effets sont particulièrement marqués en aval des bassins versants touchés par les activités humaines (mines, exploitations agricoles, terrassements...). C'est en Polynésie française, à La Réunion et dans les Antilles que leur impact a été le plus marqué. Dans les atolls de Polynésie, des destructions très importantes de pentes externes à 50,90%, voire 100%, ont été observées, jusqu'à au moins 75 mètres de profondeur sur certains atolls. Le blanchissement des récifs coralliens On observe périodiquement dans le monde, particulièrement fréquemment depuis 1980, des phénomènes de blanchissement de coraux ou autres organismes symbiotiques, dont la fréquence et l'intensité sont sans précédent dans la littérature scientifique. Le blanchissement des coraux intervient par perte des algues symbiotiques et/ou réduction de concentrations en pigments chlorophylliens dans les zooxanthelles qui résident dans les tissus de l'hôte et qui leur donnent leur couleur. Si, dans la plupart des cas, les coraux peuvent régénérer leurs zooxanthelles, un stress trop important et persistant entraîne cependant la mort des colonies. Les événements de blanchissement à grande échelle sont pour la plupart intervenus lors d'anomalies du système El Niño (Enso), comme en 1982-83, 1994 ou 1997-98, qui associe un déséquilibre du champ de pression sur le Pacifique sud, avec l'apparition du courant chaud El Niño sur les côtes du Pérou et se traduit par divers bouleversements hydroclimatiques, en particulier le réchauffement des eaux de surface. Le dernier événement (97-98) est particulièrement marqué et généralisé dans les DOM-TOM : Polynésie française, Mayotte, îles Eparses, La Réunion. Les infestations d'Acanthaster planci Acanthaster planci est une étoile de mer de grande taille qui se nourrit de tissus coralliens qu'elle digère in situ. Les causes d'explosion démographique de l'Acanthaster ne sont pas encore certaines. Des causes humaines ont souvent été incriminées, soit qu'elles favorisent l'élimination des prédateurs de l'espèce, soit que la pollution, en particulier les phénomènes d'eutrophisation et la sédimentation terrigène, favorise la survie des larves et l'explosion des populations. Plusieurs chercheurs pensent actuellement qu'il s'agirait de fluctuations naturelles d'abondances des populations au cours de longues périodes de temps. En Polynésie, Acanthaster est responsable de profondes modifications des communautés coralliennes, avec de fortes mortalités, en particulier chez les coraux du genre Acropora et Pocillopora. Les principales infestations ont eu lieu entre 1979 et 1986, mais s'observent encore de nos jours et ont pu conduire à des taux de destruction pouvant localement atteindre 90% dans les zones les plus touchées du récif frangeant. Les maladies des coraux Des cas de maladies d'origine bactérienne (maladie de la bande noire et maladie de la bande blanche) sont observés un peu partout de façon irrégulière, principalement dans les Caraïbes. Ces maladies sont encore mal connues. Pour les DOM-TOM, elles n'ont affecté que les récifs des Antilles, et particulièrement ceux de Guadeloupe où la maladie à bandes blanches a contribué, avec les cyclones, à décimer les populations d'Acropora palmata.
