Les récifs coralliens connaissent d'importants phénomènes de dégradation dans le monde, notamment les récifs côtiers en zone à forte démographie. Il est estimé que 10% des récifs dans le monde sont irrémédiablement condamnés et que 30% d'entre eux sont très fortement menacés. Compte tenu de leur diversité et de leur dispersion, on peut estimer que plus de la moitié des récifs des DOM-TOM sont encore pratiquement inconnus : les formations construites de Nouvelle-Calédonie, les archipels éloignés de Polynésie, Clipperton, Wallis et Futuna, le récif barrière de Mayotte, n'ont pratiquement pas été explorés. Il est donc difficile de faire un bilan, mais il est probable, globalement et compte tenu des données dont nous disposons, que, au regard de la surface totale des récifs des DOM-TOM, le pourcentage de récifs dégradés soit inférieur à 5%. Les situations les plus critiques se situent dans les îles les plus peuplées, où les récifs bordent les côtes : aux Antilles et à Mayotte, à La Réunion et dans les îles de la Société, en Polynésie Française. Le pourcentage de dégradation des récifs frangeants dans ces îles atteint souvent 30% et le pourcentage de récifs menacés atteint ou dépasse 50% (cas de Bora-Bora ou du récif frangeant de Mayotte par exemple : les récifs les plus indemnes sont ceux qui subissent la plus faible pression humaine : les récifs de Nouvelle-Calédonie et les atolls et récifs éloignés de Polynésie Française (Tuamotu, Gambier) les récifs proches des zones urbaines ou densément peuplées sont les plus dégradés (récifs de Papeete, de Nouméa), ce qui donne des situations très contrastées, comme en Polynésie Française où les îles de la Société subissent de fortes pressions, tandis que les atolls des Tuamotu sont vierges les récifs frangeants, proches des côtes, sont les plus touchés, tandis que les récifs barrières protégés par le lagon et généralement à l'abri des pressions humaines, demeurent souvent indemnes les pentes externes semblent moins touchées. Ainsi, en Polynésie Française, un suivi sur les pentes externes de 13 îles, sur la période 1992-1997, montre une forte croissance corallienne (Chancerelle in CRIOBE-EPHE, 1998) les variations sont très brutales, à la suite d'événements catastrophiques (cyclones, Acanthaster, blanchissement, rejet massif de sédiments terrigènes) et alternent avec de longues périodes de stabilité, ou d'évolution progressive et lente (CRIOBE-EPHE, 1998). Les conséquences des dégradations Outre les dégradations mécaniques qui font totalement disparaître le récif, les manifestations des dégradations se traduisent, dans la plupart des cas, comme en Polynésie Française, à La Réunion, aux Antilles, à Mayotte par * la mortalité des coraux, la diminution de la diversité corallienne, * la prolifération excessive des algues, et secondairement d'autres organismes (alcyonaires...), * la modification des peuplements ichtyologiques avec diminution des carnivores au profit des herbivores, * la mortalité ou au contraire la prolifération des oursins. La disparition ou la dégradation des habitats reste le problème majeur.
