Réuni au Caire le 23 septembre 2010 sous la direction du président Issa Hayatou, le Comité exécutif de la Confédération africaine de football, concluant les réunions des comités permanents de la CAF entamées le 14 septembre, a adopté un système pour les qualifications à la CAN 2013 dont la phase finale aura lieu en Libye. Compte tenu du changement de périodicité de la CAN, le passage des années paires aux années impaires, le Comité exécutif a modifié, à titre exceptionnel, les règles de qualification en vigueur lors des dernières éditions, la courte période séparant la fin de la CAN 2012 du coup d'envoi de la CAN 2013 interdisant de procéder à des éliminatoires trop étendues dans la durée. Il a donc été décidé ce qui suit : les pays non qualifiés pour la CAN 2012 disputeront un premier tour éliminatoire avec élimination directe afin de dégager quinze équipes. La période du 15 janvier 2012 au 15 févier 2012 a été retenue pour ce premier tour. Si nécessaire, au cas où le nombre d'équipes engagées serait supérieur à 45, un tour préliminaire sera organisé. Dans cette hypothèse, le critère retenu pour les équipes soumises à un tour préliminaire sera le classement FIFA. Le deuxième tour éliminatoire, également avec élimination directe, verrait les quinze équipes qualifiées à l'issue du premier tour rencontrer les quinze équipes (à l'exception de la Libye, pays organisateur de l'édition 2013 et, à ce titre, qualifiée d'office) ayant participé à la CAN 2012, après tirage au sort intégral. Si l'équipe de Libye est qualifiée pour la CAN 2012, les quinze autres équipes disputeront directement le deuxième tour éliminatoire de la CAN 2013. Si la Libye n'est pas qualifiée pour la CAN 2012, le Gabon et la Guinée équatoriale disputeront préalablement un match de barrage en aller-retour dont le vainqueur rejoindra le deuxième tour éliminatoire.
