Dans le Nord du Mali, l'armée malienne a régulièrement recours à la torture et au meurtre contre les suspects de soutien aux groupes islamistes armés au temps de leur domination, ont constaté des médecins et militaires maliens, des soldats français. L'ampleur du phénomène reste difficilement quantifiable: s'agit-il d'une stratégie de contre-insurrection dans une région plus favorable aux islamistes qu'ailleurs au Mali, ou de dérapages d'esprits échauffés? Le colonel Saliou Maïga dirige la gendarmerie de Gao, à 1.200 km au nord-est de Bamako. Il a recensé plusieurs cas de torture et penche pour la deuxième hypothèse: « les soldats, s'ils ne sont pas contrôlés par leurs chefs, peuvent faire n'importe quoi ». Certains de ces militaires, souvent mal encadrés, sont portés sur l'alcool, voire la drogue. Et si les islamistes ont commis de nombreuses exactions (amputations, lapidations...) au nom de la loi islamique, ces soldats semblent également avoir peu de respect pour la vie humaine. Plusieurs ont ainsi tiré sur des personnes désarmées passant à proximité lors d'affrontements avec un petit groupe de jihadistes, le 10 février dans le centre de Gao, a-t-on constaté. Des militaires maliens et français estiment que les victimes civiles ce jour-là (au moins trois morts et 15 blessés) étaient « essentiellement » dues à l'armée malienne. Les accusations d'exactions contre cette dernière se multiplient depuis le début de l'opération française Serval le 11 janvier, dans la presse, de la part d'ONG (Human Rights Watch, Amnesty International, Fédération internationale des droits de l'Homme) et des communautés arabes et touareg. Ces deux ethnies sont surnommées « peaux blanches » par la population noire majoritaire, qui les accuse souvent d'être « tous des terroristes » et mène aussi, par endroits, des représailles ethniques sans discrimination.
