Les islamistes qui combattent contre le régime de Bachar al-Assad appartiennent à différents courants allant des indépendants en passant par les Frères musulmans, les salafistes et les jihadistes du Front al-Nosra, qui viennent d'annoncer leur adhésion à Al-Qaïda. Le Front islamique de libération de la Syrie (FILS) Cette coalition, qui regroupe 20 brigades et bataillons, a été constituée en septembre 2012. Elle compte des groupes proches des Frères musulmans comme Liwa al-Tawhid, implanté en particulier à Alep (nord), ou des islamistes indépendants comme les Bataillons Farouq, présents à Homs (centre) et à la frontière turque, ou encore les salafistes comme Liwa al-Islam. Beaucoup de ses groupes sont rattachés à l'Armée syrienne libre (ASL), première force rebelle dans le pays. C'est le courant islamiste le plus important selon Aron Lund, un expert du mouvement islamiste en Syrie. Le Front islamique syrien (FIS) Constitué en décembre, le Front islamique syrien (FIS) est plus petit mais plus structuré que le FILS. Cette coalition salafiste, composée de six organisations et dominée par le groupe combattant Ahrar al-Cham, est présente sur tout le territoire. Le FIS revendique 25.000 combattants, ce qui est impossible à vérifier, et a été particulièrement actif dans la prise de l'aéroport militaire de Taftanaz (nord) en janvier ainsi que de la ville de Raqa (nord) en mars. Dans sa chartre, cette coalition affirme combattre pour l'établissement d'un Etat basé sur la charia (loi islamique). Si Ahrar al-Cham compte dans ses rangs des combattants étrangers, ses dirigeants sont syriens et affirment que leur combat concerne la Syrie. Le FIS ne fait pas partie de l'ASL. Le Front al-Nosra C'est l'organisation islamiste en Syrie la plus connue, à défaut d'être la plus importante. Elle appartient à la mouvance des « jihadistes internationaux », alors que les autres courants islamistes assurent vouloir se concentrer sur la Syrie, et a fait acte d'allégeance au chef suprême d'Al-Qaïda Ayman al-Zawihiri. Al-Nosra est inscrit sur la «liste noire des organisations terroristes » établie par les Etats-unis et peut-être prochainement sur celle de l'Union Européenne. Le groupe a fait sa première déclaration publique fin janvier 2012 dans une vidéo appelant au « jihad » (guerre sainte) contre le régime « apostat » de Bachar al-Assad. Ses origines sont assez obscures, mais son chef a récemment révélé avoir reçu de la branche d'Al-Qaïda en Irak les fonds et les hommes pour lancer le jihad en Syrie. Pratiquant les attentats suicide comme en Irak, ses combattants se montrent particulièrement audacieux sur le champ de bataille, et se tiennent éloignés de la population. Selon les estimations, ils sont environ 6.000.
