Dès son investiture, et même bien avant, le Président de la République met en exergue la priorité de sa politique : la concorde civile. Environ 2000 personnes ont été tuées en 2000 et 1300 en 2001. Au moins vingt personnes ont été assassinées depuis le 1er janvier 2002. le Ramadan 2000 a fait 380 morts suite à des attentats terroristes, et celui de 2001 environ 70. Les comptes suivent une courbe décroissante, mais il y a toujours des assassinats en Algérie et encore des morts. Dès son investiture, et même bien avant, le Président de la République met en exergue la priorité de sa politique: la concorde civile. Au début, les événements vont dans le sens souhaité par le nouveau Président. Le 6 juin 1999, l'AIS (Armée islamique du salut, branche armée du FIS), en trêve depuis octobre 1997, annonce qu'elle dépose les armes et se met sous l'autorité de l'état. La Lidd (Ligue islamique de la daâwa et du djihad, de Ali Benhadjar) et le Mipd (Mouvement islamique pour la prédication et le djihad, de Mustapha Kertali) souscrivent à la démarche de l'AIS. Le 4 juillet 1999, Bouteflika gracie 2 300 détenus islamistes, non concernés par les crimes du sang, le viol et les attentats à la bombe. Le 13 juillet, la loi sur la concorde civile, prévoyant l'amnistie partielle des islamistes armés est promulguée. En septembre 1999, cette loi est approuvée par le peuple par un large référendum (98,63 %). Le 13 janvier 2000, le délai accordé aux groupes armés pour déposer les armes et se rendre prend fin. Deux organisations rejettent l'offre, le GIA et le Gspc. L'AIS s'autodissout, malgré les appels de guerre qui s'intensifiaient de l'extérieur et le contexte trouble qui prévalait, suite à l'assassinat de Abdelkader Hachani, un peu plus d'un mois auparavant. Depuis, deux ans se sont écoulés. La situation sécuritaire s'est nettement améliorée. Les périodes d'accalmie se sont allongées et dans les grandes agglomérations urbaines une certaine embellie s'installe. Toutefois, des zones de turbulences persistent avec quelques attentats perpétrés ici et là, aux portes des villes. Eviter de voyager de nuit est toujours conseillé hors de la capitale, et la télévision continue, à ce jour, de diffuser des appels au civisme et à la vigilance des citoyens, synonyme officiel, s'il en est, que le danger est omniprésent. Près de 2000 islamistes ont été libérés, amnistiés ou graciés «dans le cadre de la Constitution et des prérogatives dévolues au Président de la République». Près de 1800 autres ont été tués dans le cadre de la lutte antiterroriste depuis 1993, dont près de 900 pour les deux seules années 2000 et 2001. Pourtant des «poches résiduelles» continuent à semer la mort. Partout à Médéa, Tipasa, Tizi Ouzou, Relizane, Chlef, Laghouat, Béchar, Tébessa et Tiaret. Selon les estimations officielles, ils sont encore 700 à 800 éléments armés dans les maquis et autant dans les agglomérations urbaines comme réseaux de soutien et sympathisants. C'est énorme, ébouriffant, et, au fond, inquiétant. Bouteflika a articulé toute sa politique, aussi bien intérieure qu'étrangère, autour de cet axe central: la concorde civile. Pourquoi? parce que «quelles que soient les causes de la violence, celle-ci est inacceptable», parce que «si la violence à des causes sociales, elle a pu avoir aussi, et à l'origine, des causes politiques», parce que enfin «l'Algérie appartient à tous les Algériens quelles que soient leurs convictions». Tel a été le bilan établi, une fois pour toutes, par Bouteflika. Sur le terrain, le langage verbal a très souvent alterné avec celui des armes.
