Le bassin du Seybouse est confronté à la pollution urbaine, industrielle et agricole. Or, le bassin en question est situé dans la région Nord du pays et s'étend sur une superficie de 6 471 km2. Avec une longueur de 240 km, il couvre 86 communes et 07 wilayas notamment Annaba, El Taref , Skikda , Constantine, Guelma, Souk Ahras et Oum El Bouaghi . La pollution qui provient des nombreuses usines et zones agricoles a causé, indique un rapport des écologistes 4,5 millions de m3 de polluants industriels qui sont rejetés annuellement dans cette rivière, dont 3 millions viennent des huiles usagées. A ce sujet, il faut savoir que le bassin du Seybouse comprend 86 unités industrielles, parmi lesquelles huit seulement ont leur propre station d'épuration. Il possède aussi deux grands périmètres d'irrigation, à savoir le périmètre de Guelma-Bouchegouf de 12 900 ha et celui de Bounamoussa de 4 500 ha. Deux stations d'épuration sont en cours de réalisation depuis 2008 pour traiter ensemble 180 000 m3/jour. Les grandes usines industrielles les plus polluantes sont en premier Arcelor Mittal et Asmidal dont la production d'ammoniac avait atteint les 800 000 tonnes dont plus de 1/3 est exportée. Ce produit est excessivement dangereux et son déversement en mer pourrait inévitablement causer une catastrophe écologique. Il est transporté par des navires réfrigérés à -33°. De son côté, la société Ferphos a réussi à produire 1,6 million de tonnes de phosphate en 2007, dont la production est exportée principalement par le port de Annaba où le risque de pollution en mer est minime jusqu'à présent . Cette matière première est un produit organique et son transport est assuré par des flottes qui n'appartiennent pas à l'usine , il est chargé dans des navires et en cas de déversements accidentels du phosphore en mer , la faute incombera aux clients. Or, l'Algérie est un pays à façade maritime et elle n'a nullement échappé au phénomène bien constaté en Méditerranée, celui de la concentration des hommes et des activités sur les zones littorales. Ainsi les espaces côtiers algériens sont considérés aujourd'hui comme les plus peuplés du Bassin méditerranéen avec plus de 40% de la population algérienne totale sur 1,6 % du territoire national et plus de 100 agglomérations de différentes tailles dont trois des quatre métropoles du pays soit Annaba, Alger et Oran. Cette forte littoralisation du peuplement et des activités notamment industrielles ont des effets pervers évidents sur les équilibres écologiques et économiques de nos espaces littoraux. Les niveaux des pollutions marines augmentent de jour en jour dans les zones concernées par les fortes concentrations urbaines et les complexes industriels continuent toujours de déverser leurs rejets dans la nature. De nombreuses unités polluantes n'ont pas été dotées de systèmes antipollution et pour celles qui l'ont été, leurs équipements de traitement ne fonctionnent pas correctement. La plupart des ouvrages antipollution sont dans un état de défectuosité tel qu'il n'est même pas permis d'envisager leur réhabilitation.
