Un recours a été déposé par l'Autorité nationale indépendante des élections (ANIE) auprès du Conseil d'Etat contre les jugements émis par les tribunaux administratifs au profit des candidats aux élections législatives du 12 juin dont les dossiers ont été rejetés dans un premier temps. En effet, des candidats dans plusieurs wilayas ont vu leurs dossiers rejetés par les délégués locaux de l'ANIE, avant d'introduire des recours auprès du Tribunal administratif territorialement compétent. Les recours déposés par l'ANIE auprès du Conseil d'Etat, arguant «d'erreurs survenues dans les jugements rendus par les tribunaux administratifs». Selon l'autorité de Mohamed Charfi, les tribunaux administratifs ont accepté dans la forme les recours introduits par les candidats exclus, estimant que les délégations locales de l'ANIE «n'ont pas respecté les délais légalement prévus». Or, pour l'autorité de Mohamed Charfi, il s'agit d'une fausse interprétation par les tribunaux administratifs de la dernière ordonnance présidentielle portant révision de la loi électorale, notamment l'article 200, sur le prolongement des délais de dépôt des candidatures de cinq (05) jours et quatre (04) autres jours pour les délégués locaux de l'ANIE, afin de statuer sur les dossiers déposés. Mais l'acceptation par les tribunaux administratifs des recours introduits par les candidats dont les dossiers ont été exclus pour des «liens avec l'argent sale», n'a pas été du goût du président de l'ANIE, c'est donc le Conseil d'Etat qui doit trancher sur cette bataille juridique qui oppose l'autorité de Mohamed Charfi et les tribunaux administratifs.
