تزخر رفوف مكتبة زاوية علي بن عمر بطولقة 35 كلم غرب بسكرة بكنز من المخطوطات يقدّر بنحو 1500 مخطوط في مختلف العلوم يعود تاريخ تدوين بعضها لأكثر من 11 قرنا. حسب عدد من الباحثين، فإنّ هذه المكتبة الأثرية التي أنشأها مؤسّس الزاوية علي بن عثمان بن عمر تضم في رفوفها، إلى جانب 1500 مخطوط ما يفوق 4500 مطبوع قديم منها ما تم طبعه مرة واحدة يعود أحدثها إلى سنة 1948. وتتوفر هذه المكتبة على عناوين متنوعة في المجالات الدينية والعلمية والثقافية والسير الذاتية، حيث يمكن للباحث أن يجد مؤلفات في علوم الفقه وتفسير القرآن وعلوم الحديث واللغة وشروح في الفقه المالكي والتاريخ والأدب والسير والتصوف، إلى جانب مؤلفات في الفلسفة وعلوم الطبيعة والطب والصناعة. وتعود أقدم المخطوطات بمكتبة الزاوية للقرن الرابع الهجري وفقا لبعض المصادر، حيث تضم في رفوفها مخطوطا بعنوان «الكشف والبيان في تفسير القرآن» لأبي منصور الثعالبي النيسابوري سنة 355 هجري، وفي علوم الحديث توجد نسخة من مؤلف العقيلي بعنوان «الضعفاء» سنة 382 هجرية، إلى جانب مؤلفات تمتد حتى القرن 13 هجري. وقد أثرى مقتنيات هذه المكتبة من المخطوطات شيخ الزاوية الحاج بن علي بن عثمان بن عمر1814 - 1857 خلال رحلاته إلى عدة بلدان عربية على غرار تونس والحجاز، حيث كان يقتنيها حسب سعد عثماني ليس بصفة الهاوي بل كعالم يقوم بدراستها ومناقشة المسائل الواردة فيها والتعليق عليها. وتمثل المخطوطات ولاسيما المتواجدة بزاوية علي بن عمر إرثا ضخما لما لها من قيمة علمية وتاريخية وفنية بما تحتوية من مؤلفات تعود إلى قرون عديدة تحتاج إلى أن تكون محل بحث وتنقيب للاستفادة من مكنوناتها، وتسهيل استعمالها للباحثين في المجالات التي تناولتها. جدير بالذكر أنّ زاوية علي بن عمر بطولقة التي تأسست سنة 1780 ميلادي لا تزال منارة لتحفيظ القرآن وتعليم الفقه واللغة، ويوجد بها إلى جانب هذه المكتبة الزاخرة بالكتب والمخطوطات القديمة المفتوحة للباحثين على وجه الخصوص مكتبة ثانية أسسها شيخ الزاوية الحالي عبد القادر عثماني تتوفر على مئات العناوين لتكون في متناول طلبة الزاوية وهواة المطالعة.