Il était âgé de 9 ans lorsque éclata la Seconde Guerre mondiale. Il en avait 11 quand son père s'est vu interdire d'exercer sa profession d'avocat à cause de son origine juive. «Toute ma vie a été marquée par le récit que m'a fait mon père à la fin de 1941 ou au début de 1942 de l'affaire Dreyfus. C'est aussi à travers l'affaire que j'ai été formé non seulement à la politique, mais aussi à la morale et à l'histoire», a-t-il écrit dans ses mémoires. Mais son cauchemar ne s'arrêtera pas là puisque le 15 mai 1944, la Gestapo s'en prendra à toute sa famille. Après avoir appris l'assassinat de ses parents, dans le camp d'extermination nazi d'Auschwitz, l'orphelin se réfugiera dans ses études. L'expérience terrifiante du nazisme l'amènera à s'intéresser à «l'histoire immédiate» en plus de sa passion pour le passé (la Grèce antique). Et c'est parce que son père a été torturé par la Gestapo qu'il n'a jamais pu tolérer que l'on puisse torturer au nom de la raison d'Etat. En 1947-1948, il entre au lycée Henry IV à Paris et devient, en 1955, docteur ès lettres, puis agrégé d'histoire. Deux ans plus tard, alors qu'il est jeune assistant à la faculté de Caen, Pierre-Vidal Naquet se lance dans sa «première enquête d'histoire immédiate». En pleine guerre de Libération nationale, il n'hésite pas un instant à se pencher sur le cas de Maurice Audin, un jeune communiste et professeur de mathématiques à Alger officiellement porté disparu après une tentative d'évasion. En 1958, il signera le «Manifeste des 121», qui est un appel à la désobéissance contre la guerre d'Algérie. Son premier livre, L'Affaire Audin, lui vaut une interdiction d'enseigner. Mais sa prise de position courageuse fera de lui un célèbre militant des droits de l'homme. Son ouvrage, fort documenté et empruntant au ton du J'accuse d'Emile Zola, établit sans détour que Maurice Audin a été exécuté par l'armée coloniale. Armée également chargée de réprimer, par tous les moyens, l'insurrection à laquelle avait appelé le FLN. Son engagement incessant contre la torture pendant la guerre de Libération nationale fera de lui un acteur important et un témoin privilégié de l'histoire de l'Algérie combattante. Son départ constitue indéniablement une immense perte. Pour Pierre Vidal-Naquet, «l'historien doit prendre part à la vie de la cité». Aussi ce n'est pas un hasard s'il a été l'un des premiers à démonter les thèses des négationnistes, notamment dans ses ouvrages Assassins de la mémoire et Réflexions sur le génocide. En juillet 2003, sans surprise, il a participé à l'appel «Une autre voix juive», qui regroupe des personnalités juives solidaires du peuple palestinien. Il estimait que la politique de Ariel Sharon était «criminelle». Il aurait certainement eu la même position à l'égard de ce début de règne de Ehud Olmert.
