Les eaux usées se déversent à ciel ouvert. Tous les cours d'eau, les champs et les espaces mitoyens des habitations sont pollués par les égouts. Des accidents de cross-connexion (mélange eaux usées et eau potable) ont été déjà enregistrés dans la commune. Une ville comme Bouzeguène ne possède pas un réseau d'assainissement digne de ce nom. L'unique réseau existant a été réalisé au début des années 1980, alors qu'elle ne comptait que le tiers de la population actuelle. Le diamètre des buses ne répond pas aux normes d'une ville d'une telle ampleur. Tout le réseau d'assainissement, qui repose sur celui de l'eau potable, est à refaire puisque plus de la moitié de la tuyauterie est en amiante-ciment, une matière qui est hautement cancérigène. En plein chef-lieu, des quartiers entiers ne sont pas encore reliés au réseau d'assainissement de la ville. A titre d'exemple, le quartier de Takoucht Ath Aoukra, proche du CEM Hamadi, est dépourvu de réseau d'assainissement. Un quartier où résident une cinquantaine de familles utilise des fosses septiques débordantes, polluantes et nauséabondes. Le nombre de fosses septiques au niveau du seul chef-lieu de Bouzeguène est environ de 200. Des fosses qui n'ont jamais été contrôlées par les services concernés, affirme-t-on. Des promesses des officiels sans restées sans suite. C'est un SOS que les habitants lancent aux autorités.
