Ouverte le jour même de la prise d'otage le 24 décembre 1994, l'enquête avait été confiée au juge antiterroriste Jean Louis Bruguière. Bien sûr, celui-ci a entendu des témoins, expertisé des pièces à conviction – notamment l'arsenal militaire dont disposait le groupe terroriste à bord de l'avion, mais il semble que l'enquête ait été mise en sourdine. Ferait-elle l'objet d'une nouvelle instruction ? Le nouveau juge d'instruction, Marc Trévidic, qui a hérité de tous les dossiers du juge Bruguière au moment du départ de ce dernier du pole antiterroriste fin 2007, est déterminé à relancer l'affaire. De la même manière qu'il procède désormais pour élucider l'enlèvement des sept moines trappistes du monastère de Tibhirine, enlevés et assassinés en 1996.
