La répartition des pouvoirs de décision au sein de l'Union pour la Méditerranée entre pays arabes et européens pose de sérieuses difficultés. Un an après sa création, l'Upm n'a toujours pas de représentant politique. Seul candidat déclaré pour prendre la tête de l'UPM, le Jordanien Ahmad Masa'deh ne fait pas l'unanimité. Les dispositions de l'UPM prévoient que le secrétaire général doit être issu du Sud, mais aucun pays ne semble intéressé par ce poste. La machine de l'UPM, déjà grippée à cause du conflit israélo-palestinien, semble avoir du mal à se mettre en place. Après plusieurs jours d'âpres discussions, les 43 pays membres de l'UPM ont accepté le principe d'une présidence partagée entre Paris et Le Caire ainsi que l'organisation d'un sommet tous les deux ans. Mais la question du premier représentant de l'Upm reste en suspens. La France songerait, selon la presse française, à défendre la candidature d'un Palestinien pour le poste de secrétaire général afin, dit-on, de « relancer un processus mis à mal par la guerre de Ghaza ». Mais ce n'est là qu'une rumeur. Plusieurs problèmes organisationnels se sont manifestés dès la création de l'UPM. L'une des plus grandes crises de l'organisation euroméditerranéenne a concerné l'introduction de la Ligue arabe au processus. L'Etat hébreu a fermement protesté contre le fait d'introduire l'organisation de Amr Moussa à l'Upm, ravivant ainsi les tensions entre pays européens et arabes. Le désaccord était tel qu'une importante réunion ministérielle sur l'eau, qui devait se tenir en Jordanie, a été annulée. Lors d'une réunion tenue à Marseille, en novembre 2008, les pays du Sud avaient continué à faire pression pour inclure la Ligue arabe dans l'UPM. Il a fallu trouver un compromis pour faire taire les protestations. L'Etat juif a ainsi obtenu, en échange de l'introduction de l'organisation de Amr Moussa, un poste de secrétaire général adjoint. Mais là encore, la décision a soulevé l'ire des pays arabes. Mourad Medelci, ministre algérien des Affaires étrangères, y a vu une décision « extravagante ». La réunion de Marseille a tenté de trouver un arrangement pour satisfaire tous les membres de l'UPM. La répartition des postes au sein du secrétariat prévoit ainsi que le siège doit être installé à Barcelone (Espagne), que le secrétaire général viendra du Sud et sera assisté de six adjoints : un Italien, un Grec, un Maltais, un Turc, un Israélien et un Palestinien. « Nous sommes sortis avec de nouvelles ambitions à Marseille, qui nous ont paru extravagantes. Au lieu d'un secrétariat léger et technique tel que décidé au sommet de Paris, on s'est retrouvés avec un secrétariat composé de sept secrétaires généraux adjoints », a déclaré, à ce propos, M. Medelci. Malgré l'ampleur des divergences qui séparent les membres de l'UPM, le gouvernement français continue de défendre son idée, prônant « une approche pragmatique et dépolitisée ». Les autres pays membres semblent, eux, plus sceptiques.
