Noordin Mohammed Top, âgé de 40 ans, de nationalité malaisienne, qui s'était autoproclamé chef de Al Qaïda dans l'archipel malaisien », avait été, selon les experts, l'un des principaux organisateurs des attentats meurtriers perpétrés par la Jemaah Islamiyah (JI) au début de la décennie, dont ceux de Bali (202 morts en 2002) et de l'hôtel Marriott de Jakarta (12 morts en 2003). Cet ancien comptable était également suspecté d'être le cerveau du double attentat ayant visé deux hôtels de luxe de Jakarta le 17 juillet (7 morts) et qui porte sa marque. Un groupe se présentant sous le nom de Al Qaïda Indonésie avait revendiqué fin juillet sur un blog supposé rédigé par Noordin, le double attentat de Jakarta. Il était également soupçonné d'avoir organisé l'attentat qui avait visé en 2004 l'ambassade d'Australie à Jakarta, faisant 10 morts. Sa capacité à passer à travers les mailles du filet tendu depuis six ans par la police, grâce à un réseau de sympathisants islamistes et à ses liens familiaux, avait jeté une ombre sur la réelle capacité de l'Indonésie à mettre à mal la frange radicale des islamistes. Si des centaines d'activistes ou sympathisants ont été arrêtés, certains leaders des mouvements islamistes clandestins, comme Noordin Top, restaient introuvables. Noordin Mohammed Top avait, lui, échappé de peu à une arrestation à plusieurs reprises. En 2003, en compagnie de l'un de ses lieutenants, Azhari Husin, il avait réussi à fuir lors d'un raid de la police contre une de ses caches, à Bandung, dans l'ouest de Java. Azhari avait finalement été tué en 2005 par la police. Par trois fois, en octobre et novembre 2005 puis l'an dernier dans l'est de Java alors qu'il venait se faire soigner le foie, celui que la police désigne par « NMT » selon ses initiales, avait également échappé à la capture. Quelques jours après l'attentat du 17 juillet, une femme présentée comme sa troisième épouse avait été interpellée. Elle avait affirmé à la police qu'elle pensait que son mari, homme doux, selon elle, passait de longues semaines loin de la maison pour un travail d'agent publicitaire pour une école islamique.
