Le 15 décembre 2013, une fusillade éclate au palais présidentiel à Juba. C'est la guerre civile. Le président Silva Kiir accuse son ex-vice-président, Riek Machar, qu'il a démis de ses fonctions, en juillet 2013, d'être derrière cette tentative de coup d'Etat. Ce dernier dément et reproche au Président de vouloir confisquer le pouvoir. Le pays sombre dans le chaos et les émissaires américains et de l'Union africaine (UA) ont échoué dans leurs tentatives respectives de médiation. Ainsi, l'indépendance du plus jeune Etat du monde, proclamée en juillet 2011, n'est elle qu'une illusion qui mène vers une situation d'Etat failli, comme la Somalie et la République centrafricaine. Et de surcroît un Etat failli riche en pétrole, mais qui dépend, pour son exportation et raffinage, des infrastructures du Nord, lequel joue cette carte pour affaiblir un voisin fort encombrant, allié des Etats-Unis, d'Israël et trouver des ressources pour maintenir sous perfusion son économie et affronter les rébellions du Kordoffan, du Nil bleu et du Darfour. Parrains de l'indépendance du Sud, les Etats-Unis indiquent n'avoir relevé aucun indice traduisant l'intention de Riek Machar de démettre le président par un pronunciamiento. «De manière tragique aujourd'hui, le plus jeune pays du monde et sans aucun doute l'une des démocraties les plus fragiles est en danger d'éclatement», a averti le 9 janvier dernier la secrétaire d'Etat adjointe pour l'Afrique, Mme Linda Thomas-Greenfield, devant le Sénat américain. Ajoutant que le conflit armé est «la conséquence d'un énorme désaccord politique» dans le pays. Et de constater : «Nous n'avons pas vu de preuves d'une tentative de coup d'Etat mi-décembre.» La carte de Khartoum L'accord de paix signé à Nairobi, au Kenya en janvier 2005 entre l'Armée populaire de libération du Soudan (APLS) dirigée par John Garang et le gouvernement de Khartoum, préconise la tenue d'un référendum sur l'autodétermination du Sud. Mettant fin alors à un conflit qui date de 1983, le plus long en Afrique. Néanmoins, il a laissé de côté la question des frontières. Laquelle a vite fait de resurgir à l'exemple de la province d'Abyei. Celle-ci a organisé fin octobre 2013 un référendum où les populations se sont prononcées en faveur de leur rattachement au Sud, sachant que la province est revendiquée par le Nord. Ce qui pourrait ouvrir un nouveau front d'affrontements entre Juba et Khartoum qui est loin d'avoir digéré l'indépendance de la partie la plus riche de son territoire. En septembre 2012, Juba et Khartoum signent un accord pétrolier. Un accord à l'avantage du Nord puisqu'il revoit à la hausse les droits de transit du pétrole du Sud sur le territoire de son voisin. Le président Silva Kiir veut se représenter aux élections de 2015, alors qu'il n'a pas réglé les problèmes dans lesquels se débat la jeune République, notamment celui de la corruption. La rente pétrolière lui permet de mener la guerre à son rival et de se maintenir au pouvoir. Les Etats-Unis et l'Europe se contentent de déclarations. La Chine est dans l'expectative, sa présence dans la région est motivée par des intérêts pétroliers. De leur côté, les pays membres de l'Autorité intergouvernementale pour le développement (IGAD), à savoir, Djibouti, l'Ethiopie, le Kenya, l'Ouganda, la Somalie et le Soudan, sont divisés sur ce conflit. L'Ethiopie reste neutre et l'Ouganda soutient le président Kiir. Khartoum a demandé à Juba d'arrêter son soutien au Front révolutionnaire soudanais (FRS), une coalition de quatre mouvements rebelles qui veulent renverser le régime de Khartoum. Le 8 juin 2013, le président soudanais Omar El Béchir a ordonné l'arrêt du transit du pétrole du Soudan du Sud, accusant Juba d'apporter un soutien aux rebelles luttant contre les forces de Khartoum, en particulier dans les régions frontalières du Kordofan-Sud et du Nil bleu. Les dissensions entre ethnies ou tribus se ravivent au gré des circonstances ; Khartoum les alimente pour laminer la rébellion du Sud. Dans certaines régions, les affrontements sont récurrents et meurtriers, comme dans l'Etat du Jonglei, situé dans l'est du pays, où un conflit entre Lou Nuers et Murles a fait plusieurs centaines de morts depuis deux ans, mais aussi nourri de haine remontant à la guerre civile. L'armée sud-soudanaise y combat depuis avril 2010 un groupe rebelle mené par David Yau d'ethnie murle, une communauté du Jonglei. Après un cessez-le-feu en 2011, ce dernier et ses miliciens ont repris les armes en avril 2012 contre Juba. En parallèle, les deux pays s'accusent mutuellement de soutenir des groupes rebelles actifs sur le territoire de l'autre.
