La naissance de la CAF remonte à l'année 1957. L'idée de fonder une confédération remonte au début des années 1950, lorsqu'une poignée de dirigeants africains se concertaient pour porter ce projet pensé et mûri lors des congrès de la FIFA de 1954 en Suisse et 1956 à Lisbonne. C'est dans la capitale portugaise que les dirigeants de quatre fédérations (Egypte, Soudan, Ethiopie, Afrique du Sud) décidèrent de jeter les bases de la confédération. Les quatre fédérations étaient déjà membres de la FIFA depuis 1923 (Egypte) 1948 (Soudan) 1952 (Afrique du Sud) et 1953 (Ethiopie). Ces quatre fédérations participent aux travaux de l'assemblée générale de la FIFA à Berne, en Suisse, en 1954. Le président de la Fédération argentine de football (AFA) a rejeté la proposition formulée par les Européens d'autoriser des fédérations africaines de fonder une confédération et de faire partie (un membre) du comité directeur de la FIFA. La question est soumise au vote de l'assemblée générale, qui décide à 25 voix pour et 16 contre de reconnaître le droit au continent africain d'intégrer la FIFA en tant que confédération. Le projet se concrétisera deux ans plus tard, en juin 1956, à Lisbonne, lors de l'assemblée générale de la FIFA. Avant de quitter la capitale portugaise, les quatre dirigeants africains qui ont piloté l'opération sont invités à un dîner par le président de la FIFA et son secrétaire général, deux Anglais, Arthur Drewry et Stanley Rous. Ce dernier deviendra quelques années plus tard président de la FIFA. Il y avait un objectif derrière cette invitation. Les deux dirigeants de la FIFA demandent à leurs convives africains d'intégrer l'Afrique du Sud dans leur union naissante. Abdelaziz Abdallah Salem (Egypte), Abdalhalim Mohamed (Soudan) et l'Ethiopien ne se doutaient pas que derrière la proposition anglaise il y a avait une visée qu'ils allaient rapidement découvrir. En février 1957, les statuts de la CAF sont adoptés dans un grand hôtel de Khartoum. Sur place, le nouveau-né fait face à deux problèmes : le premier concerne le lieu du siège de la confédération que se disputent (déjà !) l'Egypte et le Soudan. Les Egyptiens arguent que le siège doit être basé dans le pays du président et les Soudanais soutiennent qu'il doit être fixé dans le pays où les statuts ont été adoptés. Les deux parties font appel à l'arbitrage de la FIFA qui tranche en faveur de l'Egypte. Les dirigeants de la CAF ne sont pas au bout de leurs peines en ce début de l'année 1957. A la veille du début du premier tournoi (CAN), le Sud-Africain Fred Fell se présente à la réunion technique avec deux listes de joueurs, et c'est le deuxième problème : la première constituée de joueurs de couleur et la seconde de joueurs blancs. Les membres de la CAF refusent la participation de l'Afrique du Sud au premier grand rendez-vous continental et saisissent la portée de la recommandation formulée quelques mois auparavant par les deux responsables de la FIFA. L'Afrique du Sud est sur le champ exclue de la confédération.La FIFA emboîte le pas à la CAF et prononce à son tour l'exclusion de l'Afrique du Sud en été 1958 à Stockholm, juste avant le début de la Coupe du monde que la Suède organise sur son sol. C'est la première sanction sportive contre l'apartheid, qui sera levée au milieu des années 1990.
