La CIA joue, en principe, un rôle dans la « guerre à la drogue » : elle est censée fournir des renseignements au FBI, au département d'Etat (Affaires étrangères) et à la Drug Enforcement Administration (DEA) qui est une agence policière du département de la Justice, qui dépend du pouvoir exécutif du gouvernement fédéral. Mais une « guerre des services » fait depuis longtemps rage entre la CIA et la DEA. On l'explique généralement par le fait que la CIA utilise le trafic de drogue pour mener ses activités à bien alors que la DEA s'efforce de le combattre. Diverses enquêtes de la DEA ont ainsi été arrêtées ou gelées car elles mettaient en cause des alliés de la CIA (l'ancien dictateur panaméen Manuel Noriega, par exemple). Ce qui montre bien que, malgré les déclarations officielles, la « guerre à la drogue » est subordonnée à d'autres objectifs de sécurité nationale. On soupçonne même qu'elle tente de contrôler le marché de la drogue en Afghanistan, premier producteur d'opium. Il est lui légalement interdit d'assassiner qui que ce soit depuis les années 1970 et elle a toujours démenti toute participation au trafic de drogue. La CIA n'a pas pour vocation d'agir sur le territoire américain, qui est du domaine du Federal Bureau of Intelligence (FBI).
