Elle est longtemps restée collée à l'armée algérienne cette image de pouvoir réel en Algérie. L'ANP traîne, comme un boulet, cette image faisant d'elle la détentrice de la décision politique, du pouvoir réel. En effet, c'est sur les chars de l'armée des frontières que Ahmed Ben Bella est arrivé au pouvoir en 1962. C'est cette même armée qui le déposera trois ans après, le 19 juin 1965, lorsque le colonel Houari Boumediène a pris les rênes du pouvoir. Après sa mort en décembre 1978, c'est parmi les militaires qu'a été choisi son successeur en 1979. Le colonel Chadli Bendjedid, désigné par ses pairs, est resté 13 ans au pouvoir. Deux thèses circulent sur la façon dont il est parti en 1992. Pour certains, il avait démissionné, pour d'autres, Chadli a été poussé à la porte de sortie. L'armée a été contrainte d'intervenir pour arrêter les islamistes qui étaient à deux doigts d'instaurer une république intégriste en Algérie. Dans un contexte de lutte contre le terrorisme, c'est évidemment à l'armée que revenait l'initiative. Elle fera appel au président Boudiaf qui sera assassiné 6 mois après son retour au pays. En 1994, c'est le général Liamine Zeroual qui a été désigné chef de l'Etat avant qu'il ne soit élu le 16 novembre 1995 dans la première élection présidentielle pluraliste. Il démissionnera en 1998 et assurera la fonction présidentielle jusqu'à la très contestée élection présidentielle en 1999 quand le candidat Abdelaziz Bouteflika a été laissé seul en course après le retrait de six candidats du scrutin. Annoncée libre au départ, cette élection, dont les candidats ont vite fait de découvrir que les dés sont pipés. Alors que les décideurs avaient déjà fait leur choix. En 2004, naîtra un autre contexte politique. Bouteflika se succédait à lui-même pour un second mandat. Mais encore une fois, avant même la tenue du scrutin des personnalités politiques ne cessaient d'alerter – même si le chef d'état-major de l'armée de l'époque, Mohamed Lamari, avait réitéré la neutralité de l'institution militaire et son retrait définitif du champ politique – sur le soutien dont bénéficiait le chef de l'Etat sortant de la part des vrais décideurs. Les deux candidats qui avaient livré bataille à Abdelaziz Bouteflika, à savoir l'ancien secrétaire général du FLN, Ali Benflis, et le président du RCD, Saïd Sadi, n'avaient pas reconnu les résultats des élections. Pour beaucoup d'observateurs, le scrutin présidentiel d'avril 2004 a été un tournant important dans les relations de l'armée avec la Présidence. D'aucuns pensent aujourd'hui que le chef de l'Etat qui ne voulait pas être «un trois quarts de président», a réussi à s'en émanciper et mettre en place son propre système, en écartant ou du moins en amenuisant l'intervention de l'institution militaire dans la sphère politique. Qu'en est-il de la révision de la Constitution qui a permis au chef de l'Etat de briguer un troisième mandat ? Des analystes évoquent, notamment, le basculement des rapports de force et le déplacement du centre de gravité du pouvoir des Tagarins à El Mouradia.
